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河工告成主要功绩在康熙帝，但也把张鹏翮放在了众目睽睽之下，未免有求全之毁。康熙帝南巡时命截漕二万石交张鹏翮往赈山东饥，然而，灾情难以扑灭，张鹏翮下令河员动常平仓谷二十八万余石散赈，疏请以山东各官俸工银补还。这年十月吏部以此弹劾张鹏翮，康熙帝不予理会。
十月十一日，康熙帝带皇太子胤礽、皇三子多罗贝勒胤祉、皇十三子胤祥，踏上西巡之路。临行前还对吏部、工部的官员说：“张鹏翮在河数载，殚心宣力，不辞艰瘁，又清洁自持，朕心深为嘉悦。尔部议叙具奏。”并御笔题写“澹泊宁静”匾额赐给张鹏翮。
十月二十五日驻跸太原城内，山西巡抚噶礼、太原知府赵凤诏等殷勤迎驾。噶礼是满洲正红旗人、清朝开国五大臣何和礼四世孙，其母为康熙帝乳母。为官勤敏，但贪婪无厌，虐吏害民。太原知府赵凤诏是湖南巡抚赵申乔的次子，康熙二十六年举人，次年进士及第，康熙三十五年出任沁水知县，康熙四十一年授太原知府。恰逢康熙帝车驾西巡，驻跸龙泉关，召其谒见，问山西巡抚噶礼贤否，赵凤诏称噶礼为“第一清官”。帝谓凤诏曰：“汝父官声清廉，汝当效法。”凤诏对曰：“微臣所自信者，不受贿而已。居官受贿，无异闺女失节，臣实耻之。”帝笑曰：“尔言虽鄙陋，然如此存心甚佳。”
十月二十六日，康熙帝召见山西官员，说：“入境以来，观风问俗，见民生略有起色，闾阎之间，俗朴尚俭，朕心少慰。”肯定了山西巡抚噶礼的政绩。
康熙帝再三强调，今年山西收成颇佳，山西各级官吏要“仰体朕爱民如子之至意”，告诉民间百姓：“若不丰用奢，则荒年必致匮乏”，并且“教之以礼义，导之以守法，重农务本，藏富于民”，若能如此，则“朕无西顾之忧矣”。最后，康熙帝坦言，由于今年山东省旱灾严重，已经免去了当地康熙四十三年的地丁钱粮，又免去了云贵、广西、四川的地丁钱粮，所以此次在山西“不能施惠”。但是可以将山西所属州县康熙四十三年以前没有上缴完的银两米草，全部免除。
康熙帝心中将噶礼与张鹏翮进行对比，发觉还是噶礼这种满族大臣办事得力，突然就有些厌恶张鹏翮。十一月十日，康熙帝在西巡路上，传谕责备张鹏翮让河员发仓谷邀誉，乃令山东各官补还。张鹏翮接旨连忙上奏折请罪。
康熙帝巡视过山陕，由潼关进入豫省地界。腊月初一日驻跸洛阳城，初二日驻跸孟县下孟镇，初三跸河内县董张镇，初四驻跸修武县城内。初二在孟津渡黄河时，见河道淤沙严重，预感到黄河会在怀庆府一带出事。但见冬日此处土不上冻，认为堵口不难。他的这些认识直接影响到了八年后的武阳黄河堵口，这是后话。
腊月十九日康熙帝一回到京师，就接到四川道监察御史刘若鼐的奏章。刘若鼐疏参山西巡抚噶礼贪婪无厌虐吏害民，计赃数十余万，太原府知府赵凤诏为噶礼心腹，专用酷刑以济贪壑。康熙帝命人下旨让噶礼明白回奏，随后康熙皇帝不辨噶礼辩解的真伪，认为噶礼遭劾是升官太快遭人嫉妒，还下诏安慰了他。
没过几天，有山西平遥县平民郭明奇等人进京告状，他们将噶礼罪状交给素有正直之名的巡视南城御史袁桥。袁桥览毕，义愤填膺，立即上书弹劾噶，御史蔡珍闻噶礼恶行，也同时上疏弹劾噶礼。康熙帝对噶礼所作所为已有所耳闻，但依然选择包庇他，反将郭明奇等人下刑部治罪，袁桥、蔡珍坐诬陷罪罢官。
康熙帝当然看重廉张鹏翮这样洁奉公的官员，但朝廷也需要噶礼这样虽说官声欠佳但办事得力的督抚。当下的两江总督阿山也是个官声不佳但有雷霆手段的人。
两江总督正式官衔为：总督两江等处地方提督军务兼理粮饷操江统辖南河事务，管辖江苏、安徽、江西三省，是清朝九位最高级的封疆大臣之一。康熙三十九年五月，满人阿山接替张鹏翮担任两江总督。阿山一到任后就挑张鹏翮在两江总督任上的茬口，弹劾其对盐袅孔文泰不加详审、袒护，甚至还牵扯出张鹏翮的儿女亲家第六十六代衍圣公孔毓圻，但最终没能扳倒张鹏翮。康熙四十一年，阿山因审查安徽布政使张四教亏空帑银案中徇私庇护，被革职留任。
康熙四十三年初，阿山一下子将江西巡抚张志栋及其属下布政使李兴祖、按察使刘廷玑，以及袁州府知府马斌、南昌知县王廷对等众多道、府、县官员参倒革职，江南震动。
就在这个当口，淮扬道员王谦，以其冒领治河款项，弹劾其下属山安同知佟世禄，河道总督张鹏翮将佟世禄革职。佟世禄不服，进京告御状，攀咬河道总督张鹏翮，说其“诬陷其冒帑误工，拟以重杖，又将他人应赔钱粮坐令他名下赔补”。二月十七日，康熙帝命两江总督阿山、河南巡抚徐潮会审具奏。
阿山接旨大喜，决意趁机将张鹏翮整倒，不待河南巡抚到江南，便着手收集张鹏翮的罪证。阿山偏信佟世禄一面之辞，参劾张鹏翮“妄动库银，以培修抢修为口实，靡费银九千余两。”在五月二十九日的奏折中说：“时淮扬原道员王谦、现任淮徐道员张弼等不行详查，仍照原审枉拟，强令赔偿。由此观之，王谦、张弼及河道总督张鹏翮将不应赔之银，尽着落佟世禄赔补，实属冤枉。”不仅为佟世禄洗白，而且将张鹏翮与其属下两道员全部罗织入网。其中张弼所任淮徐道员，驻在清江浦，不仅管数个厅汛，而且掌管河道银库，更是阿山打击重点。而且，一旦将张鹏翮与其属下两员道台全扳倒，阿山便可控制河工。
不过，就在河南巡抚徐潮起来会同阿山审查佟世禄叩阍案期间，吏部又有人疏参阿山，说他“前题参抚臣张志栋大计举劾不公，布政使李兴祖等明有附和情弊，均行革职在案。今又以李兴祖等实未尝附和张志栋，代为题留，明系钻营徇庇。”请严加议处。吏部认为阿山应降三级调用，但查阿山已经革职留任，无级可降，请求将其解任。七月四日，康熙帝下旨：“阿山著仍留任。”
九月十六日，阿山再上《两江总督阿山条陈张鹏翮劣迹事奏折》，洋洋六千余字，历数张鹏翮在治河中的种种问题。说张鹏翮“不分别前后领取库银之人及兴工起止月日，出现亏空着落佟世禄一人，倒置是非，妄行渎。”又说“其后佟世禄叩阍，奉命行查。然王谦、张弼等不据理揭谬，反附和河道总督，昏庸巧饰，照坐令佟世禄名下追取。”
不过，康熙帝也不敢尽信阿山，在其奏折上朱批：“案情知道了。”并“谕尚书徐潮，革职留任阿山：河道总督张鹏翮虽为人首告鞠审，但系现任之臣，不可犯颜对质取供。若有应问之处，则移咨取供。特谕。”对张鹏翮给予一定保护。
阿山是急于将所辖的官员都换成自己用着顺手的人，岂料天不遂其愿。这年十月，朝廷授陈鹏年四品江宁知府。江宁虽在江苏省治下，但江苏巡抚和布政使、按察使均驻苏州，两江总督、安徽布政使驻江宁。阿山素知陈鹏年是张鹏翮的人，认为陈鹏年是张鹏翮在自己身边打的钉子。
陈鹏年并不管阿山作何想，他心中只知有皇上，一心要干一番事业报效君王。他微服入城上任，严惩贪官污吏，平反冤狱，革除官场陋习。驱逐南市楼娼妓，在其故址上建乡约讲堂，每月初一亲自前往宣讲圣谕。陈鹏年到任不久便博得“清官”的美名，江宁百姓对他交口称赞，阿山越发视他作眼中钉。
康熙四十三年十二月二十日，以河工告成，加河道总督张鹏翮太子太保。监修高家堰的兵部尚书范承勋、刑部尚书王掞、户部左侍郎王绅、兵部左侍郎布雅努、湖广总督喻成龙、原任都察院左副都御史寿鼐各加五级。工部尚书革职留任王鸿绪予开复，带往效力笔帖式雅奇等五人、河官扬河通判杨兆侨等三百一十四人各加级、纪录给顶带有差。上年与陈鹏年一起赴山东送赈灾粮的千总杜开山升任守备。就在十二月二十日这天，康熙帝对原任山安同知佟世禄叩阍案，下达处置谕旨：
时家马头堤岸冲决，其承修银两应于佟世禄名下追赔；马家港东坝被冲，张鹏翮虽经题报，并未申明承修官员赔补之处，应著张鹏翮与疎防等官均赔。
接到圣旨，张鹏翮颇有些为难。只因其为官清廉，并无多余的银钱用于赔补，便找张弼来商议。张弼手中有个账目，河官因各种原因亏空近一百一十余万两，亏空的官员有佟世禄等居官贪冒者，也有些清廉官员因工程出险而背负亏空的。张弼讲了这些情况，接着说：“卑职以为这些亏空实难追回，不如趁着河工告成皇上高兴，请旨以捐纳补齐，以绝后患。”顿了一下，接着说：“顺带把佟世禄应赔款项列入，免得他到处乱告状。”
因各地督抚借捐纳弥补亏空早有先例，地方官员援例奏请也是常事,张鹏翮也想息事宁人，遂上疏奏称:“河员欠帑一百十四万九千五百余两，年远难完，请照陕西事例补捐还项。”康熙帝将奏折交九卿会商没有通过。工部尚书的王鸿绪的意见针针见血揭:“河臣何不题请以补前任河道总督于成龙捐工未足之数，而反请代各员补侵欠之数，总是欲暗脱张弼等之摊陪而外，则补库为名。闻得此事全是张弼主意。”康熙帝于是将张鹏翮奏请驳回。
转眼过了新年，康熙帝要第五次南巡。阿山为讨好皇上，召集三省官员会商，要把丁粮增加耗羡三分，众官慑于其权势，不敢反对，只有陈鹏年力持不可。陈鹏年的理由无可辩驳：“圣上明谕，一应沿途供用，皆令在京所司储备，毫不取之民间。”
众官员对陈鹏年侧目而视，却都无可奈何。阿山以罢官相威胁，陈鹏年说：“官可罢，民赋不可加也！”会商不欢而散。阿山怏怏不乐，决定尽快将陈鹏年这根钉子拔除。
康熙四十四年正月二十三日，皇上谕吏、户、兵、工部，此次南巡乃为视察此前治河成果，并筹善后之规，再申历次南巡诸禁。皇上随即带着太子胤礽、皇十三子胤祥启程。二月二十二日，康熙帝在桑园召见了河道总督张鹏翮、漕运总督桑额、山东巡抚赵世显，询问漕运、河务事宜，告诫张鹏翮：“河工虽已告成，不可不预为修理防护，以图善后之策。”
三月一日，御舟泊桥头村。江宁将军鄂罗舜，副都统达尔华、鄂克逊，京口将军马三奇，副都统蔡毓茂、赵玥，江南江西总督阿山，安徽巡抚刘光美，江苏巡抚宋荦，提督江南学政张廷枢，松江提督张云翼，狼山总兵官刘含高，崇明总兵官穆廷栻来朝。
三月八日，御舟渡黄河泊清江浦，康熙帝当日阅杨家庄等处堤岸闸口，在清口发现黄水倒灌，便质问张鹏翮，张鹏翮一时答不上来，反说不曾倒灌。
三月十七日，舟至苏州府。次日，为康熙帝五十二岁诞辰，命停止朝贺筵宴。苏州百姓进献食品，康熙帝说：“朕已知之，即如朕受之矣。”令将食品携去。又于行宫召见河道总督张鹏翮及河工官员，对河道治理提出新的要求，突然念及清口黄水倒灌的时，非常生气，开始责备张鹏翮：
朕至清口见黄水倒灌，因以问尔。赧然不能答，反称不曾倒灌。此即尔大臣毫不认错处。尔居官虽好，却为王谦、张弼所欺。王谦之劣迹，河官及庶民尽皆知之，尔独特加信用。
尔等每有私心，故多徇庇。顷令河工应追钱粮著佟世禄、王谦、张弼均赔，部议甚明，尔又奏请欲免其追赔，开捐纳以补原项。此特因王谦亦在数中，故希图脱免赔补耳，明系徇庇，尔复何辞。
康熙帝这番话夹枪带棒，真假混杂，然而他是皇上金口玉言，自然都是对的。张鹏翮在官场混了这么多年，知道此刻万不可分辨，惟有装傻子，于是跪在地上，现出惶然不能对的样子。康熙帝见了张鹏翮的样子，反有些于心不忍，同时也享受着臣下惊恐于自己威严的这种感觉。于是接着说道：
尔自谓居官清廉，一介不取，一介不与。若谓一介不与，尔则有之。一介不取，则未必然。取与不取、惟尔自知之。即司道官之耳目，谁能尽掩。尔乃讲道学之人，道学以无私为本，内有私，则外行尽属虚饰。
康熙帝接着又训斥了一通，最后告诫：“目下河工，不可即谓之成，俟一二年后方知，尔须尽力筹画为善。”随后让张鹏翮带河工官员退下。张鹏翮尚未出门，旁边的大学士马奇当着皇帝的面，便骂张鹏翮“杀材！”此时马奇圣眷正隆，康熙帝也没放在心上。然而，日后马奇倒霉时，这也成为他的一条罪状。
