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对周永贵的审讯，龙飞从他的父母谈起。当讲到其父长期卧病在床，全靠其母亲一个人操劳时，龙飞注意到周永贵的眼睛有些发红了，脸上也完全没有了往日的那种骄横，代之的是一种哀伤和无奈。
当龙飞讲到其母亲盼望他回家，经常站在家门口望着北京的方向，眼睛都快哭瞎了的时候。周永贵突然跪在地上，不停地磕头哭喊了起来：“爹娘，儿子不孝啊！”
等周永贵情绪稳定后，龙飞说：“党的政策你是清楚的，坦白从宽，抗拒从严！你只有老实坦白交代，才有可能获得从宽处理的机会，才有可能回去孝顺父母的机会，子欲养而亲不待，你的父母年事已高，身体又不好，你是他们的唯一儿子，你不要给他们留下终生遗憾，也给自己留下终生悔恨！”
龙飞的话，句句戳中周永贵内心的痛点，他哭着说：“我交代，我交代，只要让我回家，我全部交代！”
龙飞示意高丽敏打开录音机。周永贵交代，国民党高层对傅作义投共早有戒备之心。1947年，郑介民借口轮训，到北平从傅作义部队中抽调部分年轻军官进行秘密培训，实际上是为军统培养潜伏特务，以期在解放军收编傅作义部队时，混入解放军内部潜伏。周永贵就是被抽调去培训的军官之一，培训结束后，他正式成为了军统的一员。他随着傅作义部队起义，被改编进入北平公安部队。为了让周永贵获取我党我军的信任，能够进入到党政军要害机关任职，台湾情报机关，授意周永贵揭发并侦破北平、天津的一些国民党特务的外围组织，以换取我军的信任，顺利进入公安部保卫局工作，并加入了中国共产党。成为潜伏在我党政机关里的国民党高级情报人员。1964年，我国成功试爆第一颗原子弹后，海外敌对势力都加强了对我国防核武器研发技术情报的收集，他们急切想获取我国核爆所使用的燃料以及爆炸当量等核心数据，美英等西方国家的情报机构想法设法向我国渗透。我国提高了对军事科技情报的保卫工作，周永贵在侦破敌特案件中的出色表现，1965年调到二机部526基地担任保卫处副处长。
周永贵虽然到了基地，但由于基地严格的技术防范和保密措施，他能接触到的机密情报十分有限。文化大革命运动，让他看到了机会，他密切关注着运动的发展。趁方华逝世，基地没有一号首长之机，他秘密串通几个平时对基地首长或对工作不满的干部，策划了夺权行动。获得二机部文化革命小组的支持，他当上了基地革命委员会的主任，成了基地实际的一号人物。
但周永贵没有想到，他首先遭到张春南的坚决抵制，张春南下令政治部、专家处、技术处、保卫处等重要部门必须听党委的指挥，坚守秘密，不能让革委会接触基地干部人事档案、科研技术等核心机密。这令周永贵十分恼火，以反革命罪第一个抓了张春南。
龙飞让周永贵交代李淑娴的死亡经过。
周永贵交代说，李淑娴带老鼠进密室的事，方华离开基地前交代过他，让他转告龙飞，说李叔娴在进行利用动物获取核材料数据的测试， 以免引起误会。刚好方华到北京后失去了联系，他就没有把方华的话告诉龙飞，将龙飞的视线转移到李淑娴身上。方华的突然离世，让他成为了这个秘密的唯一知情者。他认为他的机会来了，他密切关注着那只测试的老鼠，趁高丽敏离开实验室之机，偷走了老鼠，并交给前来接应的台湾特务莫金发，让他带着老鼠出境，没想到莫金发在机场被海关拦截，他担心事情败露，莫金发把他供出来，正要采取措施对莫金发实施暗杀时，龙飞安排他跟踪莫金发出境去香港。正中他的下怀，到了香港后，他择机杀了莫金发。而那只老鼠，他想既然已被查获，这老鼠肯定已经被调换过了，所以下了飞机他就老鼠扔掉了。
夺权成功后，周永贵本以为自己成了基地一号首长，基地的一切机密应该唾手可得，没想到，张春南的一纸命令，让他一无所获。接着他盯上了李淑娴，李淑娴是技术处长，掌握着不少机密。他本以为以李叔娴涉嫌盗窃核心机密为由对其进行讹诈，她会乖乖地交出测试数据。谁知，李淑娴根本就不吃他这一套。面对心高气傲的李淑娴，他想，唯一能征服这个女人的可能就是让她蒙受屈辱，摧毁她的意志。因为像李淑娴这样的女人，往往很看重个人形象，视节操为生命。
其实，他也曾考虑过，这招万一失败，他可能就会失去眼前的一切，他苦心经营多年的潜伏将功亏一篑。但转而又想，自己现在的身份是基地最高领导，事情如何交代，都会由他说了算。于是，那天晚上，他从禁闭室把李淑娴带到自己的办公室，李淑娴的美貌是公认的。但以前周永贵从不敢有任何奢望，他只是把李淑娴当作一枝花，一枝可以远远观赏的花。而今晚这枝花将会被他所占有，他激动万分。李淑娴一进他的办公室，他就迫不及待地抱住了李淑娴。
李淑娴明白他的企图后，竭力反抗，但她哪里是周永贵的对手。三下两下，李淑娴就被周永贵剥去了衣服。李淑娴不再反抗，她木然地承受着周永贵的强暴。
事后，李淑娴默默地穿上衣服，梳理好被扯乱的头发，突然一头向墙上撞去。咚的一声，她的头在墙上撞出一朵血红的花，身体慢慢滑倒在地上。
周永贵被这突如其来的一幕吓呆了。许久，他才喊起来“反革命分子李淑娴畏罪自杀了！”
在周永贵的操纵下，李淑娴被以畏罪自杀结案，并宣布开除李淑娴的党籍，军籍。
龙飞让周永贵在交代材料记录上签字按了指纹。
基地党委研究后，决定给予周永贵开除党籍、军籍，撤销职务。并由保卫部门逮捕送交军事法庭审判。最终周永贵以间谍罪、反革命罪被判处有期徒刑十五年。在送往监狱前，龙飞押着他回了张家口一趟，让他见了自己的父母。周永贵临别时，一再向龙飞表示感谢。
基地党委报请二机部向民政部报批，追认李淑娴为革命烈士，并对她的墓地进行了重新修整，立了碑。
林光明回到基地，得知李淑娴死讯是一个月以后的事。为了不影响他的治疗，田文山和张春南一直没告诉他李淑娴的事。龙飞也不知道如何向林光明交代这一切。作为基地保卫部门的负责人，他却连自己战友的爱人都保护不了。连自己的老师都保护不了，连自己心中的女神都保护不了，他感到了一种莫大的压力。
失去爱妻的林光明也仿佛变了一个人，他变得沉默寡言，有时常常望着一个地方发呆。同志们都担心他会垮掉。田文山和张春南都分别找他谈过话，但都一点用用也没有。林光明一有时间，他就提着犀鸟往李淑娴墓地跑，在那一站就是半天。有一次，半夜了，姗姗睡醒了找不到爸爸，就哭着出了家门。哨兵看到后，就把她带到了保卫处的值班室。正好是高丽敏值班，高丽敏担心林光明的安全，就带着姗姗去叫醒了龙飞。龙飞赶到李淑娴的墓地时，看见林光明手里提着鸟笼抱着李淑娴的墓碑睡着了。
见此情景，龙飞心里十分难过，却又无能为力。从此，为了照顾姗姗和林光明，龙飞搬到林光明家里住下了。
