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反攻的战斗打响是在一月初，这是中国农历春节之前，一年最冷的时候，北方已经是冰天雪地，即便是南方很多树木也都落叶了。人类想期待胡杨像一般的杨树、柳树一样落叶，但不知道是运动产生了热量还是胡杨使用了取暖设备，侦察员发现胡杨并没有落叶，只是夜间活动量比以前少了。
中央制定了详细的作战计划，集结大约40万人的兵力，分四路进发，分进合击，同时通知缅甸、越南、老挝等周边邻国同时发起辅助性攻势。打响第一枪的还是杭州，沿着武夷山脉西北向南岭方向进发，其余几路军队从长江沿线分别从几个地势平坦的河流沿线一路向南推进。南方的冬季阴冷潮湿，在泥泞的土地上部队艰难的跋涉，指挥官下令，所有人轮流在机械车辆中，吃饭睡觉都不许离岗，军团白天行军寻找胡杨林，夜晚红外线监视周边动静，发现情况立即发射照明弹。在每个队伍中间还架设20多米的高塔，塔上有全景监控摄像头，白天黑夜都可以监视。部队把山体成区域，使用推土机把区块中间的树木清除，包围每个山头，然后拉网式搜索胡杨的踪迹。在一些区域遇到逃窜的胡杨一律射杀，这种稳扎稳打的方式虽然推进速度慢一些，但因为清理的比较干净，后方不需要留太多部队，也能保护好补给线路。
每支部队都配有翻译机，夜间驻扎的时候都会把接收音叉插入地下，如果周边有胡杨在传播信息，机器就会接收到波动信号，这个机器还能发现周围胡杨分布的方向和距离，在白天就可以有目的的去发动攻击。
两个多星期的时间里部队推进了300多公里，没有遭到大规模的抵抗，仅仅在一些小山头遇上成群的胡杨，它们发现隐藏不住，就试图突破包围，但在人类的优势兵力面前还是不堪一击，有些胡杨非常英勇，冲入车辆阵营，试图掀翻坦克或其他车辆，它们被无数子弹打的木屑横飞，依然能奔跑。
在这几支部队中西路军队从四川出发，是推进速度最慢的，影响他们的并不是胡杨的抵抗，是道路本来就非常难走，那些山路原本走人已经很艰难，大型交通工具根本过不去，指挥官只能放火烧山，爆破炸平一些山头，前方用推土机开路所以进展缓慢。在这些进军路线中胡杨的袭扰最多的是从山上扔石头和木头，包围胡杨的军队风险也很大，这些胡杨困兽犹斗，最有威胁的还是那些有些有枪支的树人，它们几棵树组成一组隐蔽在一些常绿树木附近，等到步兵搜索山头的时候突然发动袭击。这些树木火力很猛，它们是步兵的噩梦，经常是三四棵树干掉几十个士兵。每一个山头都是巷战，你永远不知道山包后面是什么。后来军队为了减少伤亡，把山头围起来以后尽量先用火攻，这样会缩小一部分搜索范围，等防火烧山之后立即向火没有烧到的地方发射炮弹或火箭弹，有胡杨在其中就会被弹片炸伤，树枝和枝叶被破坏就可以影响它们运动，更容易清剿。
于是中国的南方大地上出现了神奇的一幕，如果从高空的航拍观察，广袤的山间陆地被分隔成各种同形状的格子，就像渔网裹住的棉花堆一样，许多单独的格子冒着黑烟在进行厮杀，这种战斗持续了3个多月，东线的主力部队已经翻越了南岭一线，前面就是广阔的珠江冲积平原，海面上还有军舰的火力支援，在平原上几乎可以不进行分隔清除，大型部队只需要卷地毯式并排前进，遭到抵抗可以很快的集中火力清除掉。西线的战事也捷报频传，部队已经进入云贵高原，同原先就驻守在那里的边防部队一起夹击云南境内胡杨，四支队伍都已接近完成任务，两只部队沿着武陵山和雪峰山向西南最后合击云贵高原，一支部队深入广州然后向西平定南宁，另外一支队伍进入福建，深入武夷山区域，也在进入最后的清剿环节。整体作战形式一片大好，中国人的兴奋程度不亚于抗日战争胜利的喜悦，全世界都认为这是一场正义的战争，是一场抗击侵略者的战争，中国的战斗经验被各国学习。
中央军委下令，在4月中旬开始战争进入收尾阶段，鼓励原先逃离的政府部门和老百姓回归原籍进行复工复产，这个时节正是春耕的尾巴，抓紧时间百废待兴，各级政府纷纷对口支援南方各省，市政部门沿着这次打通的路网抓紧抢修道路，以保证后续的补给设施能够运送到位。当人们来到原来城市的时候，那些景象令人震惊。原来城里道路两侧有些绿化，但主要的还是以通行的道路为主，现在硬路面和绿化带的比例反过来了，道路的基础全被掀起来。城市里绿化的部分也被改造了，原来的观赏植物很多都被推倒扔到一边，被弄成空旷的土地，上面有嘈杂的树根痕迹。
那些被俘虏的人类终于得到了解放，这些人身体健康都没受什么问题，但心灵明显受到了创伤，据一些人回忆，他们住在附近的房子里，每天由树人安排出来干活，树人会在一块空地上，用树枝写上它们的要求，比如制作一个多大的容器，比如需要多少个金属板，比如找多少燃烧过的草炭。反正每天都有不同的要求，如果不能完成，所有人就会被胡杨逮住抽打，胡杨也不管你是如何完成，去找现成的东西最省事，但不是所有要求都能满足。逃跑和躲藏都是不可能的，因为城市外面都是胡杨，而且道路也不通，无论你躲藏在哪胡杨都能找到，每3天都会被集中一次，如果被从其他地方抓回来也是一顿抽打。人们在城市里随便使用什么东西，胡杨也不管他们的食物，他们就到处去找那些留下的食物和水源，超市和仓库都随便拿。无论大小城市都有一些奴隶，少的就几百人，多的几千人，都有专门的胡杨去管理他们，个人的待遇也不一样，有的胡杨比较温和，很少抽打他们，也有一些暴虐的胡杨，会把人们抽打致死。人类在这种重压下也重新形成了自己的社群，有头领有分工，因为如果没有人牵头，所有的人都会被打。在一些人多的城市人类自动形成不同派别，胡杨负责管理的树人也相应的分成几个小组来管理，安排工作也越来越顺畅。这些人类形成了自己新的小社会，大部分奴隶社会甚至在短短的这几个月的时间里进行了相当稳固的社会分工，竟然也出现了剥削阶级，也有了劳动者和维持秩序的人。这次被解救了以后，还有一些人甚至不喜欢回到从前的生活。城市像一个破碎的花瓶，原来的亲人朋友基本上都死去了，原来熟悉的城市生活已经很陌生，存活下来的每个人就像重新出生了一遍，只不过这次他们没有父母，只能靠自己。
这些被解救的人说，在被解救的十几天前，胡杨树就开始消失，管理他们的胡杨是最后消失的，因为胡杨都是夜间行动，在没有灯光的夜里人类跟本不敢乱跑。就像动物园的猴子，管理员离开了但他们已经习惯拿这里当家了，还继续着原来的生活。直到军队开到这里的时候，他们才敢相信，自己已经获得了自由。
就当全人类在庆祝中国这场战争的壮举的时候，奇怪的事情出现了。五月份的一年中最舒服的季节，中央军委已经下达了指令，全国军队重新调整，南部战区因为损失惨重，由西部、中部、东部战区代管一部分，同时增派武警部队帮助重建工作。就在重型装备向回运输的过程中出现了不可思议的现象，很多地方的地面出现了裂缝，这些裂缝还都是在坦克装甲车的地方，就算停在营地旁边的坦克车经常一夜之间全部陷入地下。与此同时，部队的后方出现了大量胡杨树，人们很奇怪这些树从哪里冒出来的呢？就在人们还没弄清楚怎么回事的时候，首先一些地方的水坝出现了溃堤，整个长江以南水系纵横很多地方被洪水漫过，军队的侦察机发现，在洪水过后，地面上出现了很多站起来的树，这些树开始没有树叶，但在阳光下几天就发芽了，然后这些树木就集结移动，在移动过程中这些树叶已经非常繁茂了。
胡杨发起了全面攻势，这次的数量是去年的几十倍，很多小树夹杂在期间，采取的战术与以前略有不同，它们不是马上把人类的交通线切断，而是有计划的把人们赶到地势低的地方，然后在高处使用油脂类的东西向下喷洒，然后放火。对于大型设备，它们似乎早有准备，在这些设备附近都会出现很深的沟壑，会有成批的胡杨把车辆推进沟里，人们注意到，很多胡杨在树下面有类似铠甲的铁片，树干也有钢管包围，一般的子弹很难对它们造成伤害。喷火兵的确对胡杨是个威胁，不过喷射次数有限，另外胡杨也有类似的油脂可以从树干里喷发出来，同时它们用金属碰撞产生火花，射程也很远。这次针对大型器械的攻击对人类是致命的，没有了这些设备的人类就像是失去了犄角的山羊，也没有了逃命的腿。胡杨对军队和贫民是区分对待，军队的下场很简单，就是杀死，无论用火还是用石头还是用树杈扎，只要包围起来就是用最简单的方式全部杀死，很少能有逃脱的，因为胡杨可以感觉到人体发射的红外线，无论白天还是晚上。对待不穿军服的人胡杨的态度就温和许多，一般只是包围起来，如果逃跑就杀死，不跑的就放任不管，很多人都是死于饥饿，但有些身体强壮可以找到食物的人就可以一直在包围圈里生存下去，植物似乎对圈养人类很有兴趣，于是这些人类又回到刀耕火种、采集狩猎的原始生活方式。
在短短的2周时间，北京方面收到的坏消息已经令指挥官几近崩溃，几十万军人加上后续进入的平民，有上百万人，几天的时间都消失了，据观测胡杨树的数量暴增，这些树木原先都落叶藏入地下，等部队向南推进后，在春回大地的时节重新站立起来，那些小树都是这几年新生的，这次树木成几何级数增长。就在全世界震惊的时候，几个城市同时收到被胡杨放回来的人，他们都抬着一块儿大木板，木板上用炭笔写的文字。内容很简单。
“我们都是大自然的一份子，希望有自己的土地，划分出区域和平相处，敬畏自然。”
舆论认为这是胡杨发出的和平信号，但北京方面显然不能接受。方教授发现最近洪院士经常向他问一些植物生长方面的问题，这种技术交流很正常，但最近似乎对植物激素和药物特别感兴趣。有一天方教授来到洪院士的实验室，发现他正在调配一种植物生长调节剂，洪院士说这是一种非常厉害的调节剂，现在还没面世。所谓植物生长调节剂简单说就是植物的激素，但这个东西对自然生态的影响很大，现在各国都有法律约束，投入使用要非常慎重。
6月份的南方已经骄阳似火了，郑州附近的军用机场几架经过改造的‘运-20’飞机从机库缓缓滑出，改造过的运输机增加了农药喷洒系统。这些飞机装满了黄色的液体，这些液体正是洪院士刚刚研发出来的，批量生产的生长调节剂，据洪院士亲自测试，这些不仅仅是‘橙剂’的成分，还加入了很多化学物质。
方教授也听取了那次汇报会议。由于核武器在专家论证后效果不好，只剩下生物武器这一个办法。洪院士介绍，这种药剂主要是三氯苯酚、二恶英等多种植物激素，稀释到20%左右，高空喷洒即可，这些药剂可以有效的使植物落叶、烂根、阻断树皮养分传输，洪院士称它为“速黑剂”。会议上也人反对，因为这种药剂会有无法预计的副作用，药剂渗入土壤后对动物植物会持续发生影响，很有可能被喷洒过的土地十几年内都无法耕种，也不适合人类居住。
最后军方的一位首长含泪说跟大家说，半个中国的几亿平民和几十万军人不能平白无故的就这样没了，这些都是我们的同胞啊！
于是全国的化工厂集体加班赶制这种药剂，在短短的20天里生产了5000多吨浓缩液，公路上大型罐车辆不停的向河南、山西、安徽等军用机场方向运送过来。根据气象部门的指示，只要风力不太大都可以满足喷洒要求，下小雨的效果更好。天空中一架架飞机并排飞行，机尾拖着白色的烟雾，在天空中划出一道道猫爪一样的痕迹，天边的夕阳被抓碎了。
这种药剂的效果立竿见影，无论什么植物被喷洒上了药剂后，两天之内叶子全部落光，植物随之枯萎。短短的几天，长江以南几百万平方公里的地方都被喷洒了这个药剂，喷洒之后的一夜间连小草都没能逃过枯萎的命运。一个月，后当身穿防护服的军车进入这些地区所看到的景象令人惊悸。即便是6月每个人的后被都冒出凉气，感觉真的像进入了冬天。土地是黑色的，山坡上、田野里、池塘边，到处都是枯枝烂叶，裸露的土地上那些饥饿而死的动物随处可见。人类宣布，全面收复被侵占的领土，很快他们的后代又会在这片土地上繁衍生息。
山洞边，一株小枝丫顽强的破土而出，在蓝天下微风中摇摆。
