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受封后的马千龄回乡居住 ，他看到马占鳌父子通过依附官府而成为河州显赫的家族，实现人生逆袭，对马千龄产生了巨大影响。马千龄不再让自己的儿子们走传统的人生道路，而是读书习武，以期能够通过科举仕进，跻身官府。
马福禄生性勇武，臂力过人。十二岁的时候，他就敢单人独骑追逐狼群，并成功地绑着一只狼拖了回来。父亲马千龄实施为他规划好的科举致仕的人生道路，送马福禄送到靖远大芦塘公门下，专心学习武术。
光绪元年，马福禄考中武举人。
光绪六年（1880年），又考中武进士，留京充当皇宫侍卫。因为他在乡村中长大，对宫中的繁荣礼节知之甚少，在光绪皇帝召见时，因为不懂礼仪而冲撞皇威，被贬，只好回乡赋闲。在乡间的马福禄，因经常能够公道地调解乡民间的纠纷，在民间逐渐具备了较高的威信。
1890年，陕甘总督杨昌浚在河州阅兵，马福禄因为此时已经进身武进士，受邀参加这场阅兵典礼。年仅十四岁的马福祥跟随二哥观看了这场阅兵仪式。他看着台下千军万马，而杨昌浚身着铠甲，雄姿英发，立于高台之上，万人仰望，禁不住心潮澎湃，对旁边的二哥马福禄说：“丈夫生当如此。”
马福禄对他说：“今国家羸弱，非有武备，何以图强。”年长的马福禄思虑更为深沉，饱含忧国之情。那一刻，马福祥萌动了投笔从戎的想法。
光绪二十一年(1895 年)，甘肃又爆发了“河湟事变”，循化以及河州、湟水地区农民武装暴动，围攻河州城和西宁城。一时间甘肃、凉州又遍地烽火。清廷为了迅速平息事态，允许士绅“练士勇以滋自卫”，可以招兵买马自行组织团练。
马福禄认为这是难得的机遇，带着马福祥向父亲马千龄请命：“我们俩是朝廷的武进士和武举人，而今河湟大乱，我们实在不忍作壁上观。”
在父亲的默许之下，马福禄带着马福祥，在亲族中招募亲友青年子弟二百多人，又买来二百多匹马，组成义勇队，投到河州镇总兵汤彦和部下，协助官军镇压农民武装暴动。
当时汤彦和先是率部前往循化弹压当地农民起事。河州事变爆发，又回兵，准备解河州之围。民军首领马永琳、周世祥派人向汤彦和佯称投降，并许诺献给汤彦和三升沙金和一对金马。汤彦和抵抗不住诱惑，同意他们投降。马福禄认为马永琳和周世祥投降有诈，建议汤彦和驻军在北山高地上，一旦有意外情况，也便于撤退。汤彦和不听他的话，将部队驻扎在双城堡，夜里，果然遭到周世祥部的突袭，被打得落花流水。马福禄救出了汤彦和，二人经藏区跑回兰州。
起义民军因为马福禄、马福祥兄弟帮助官军杀戮同胞，非常愤怒，便火烧他们在阳洼山的家。马家及其亲族的房子被烧得荡然无存，家中财物被焚掠一空。当时马鸿逵年仅四岁，正在家中，被送往几里地以外的大姑妈家躲避，藏身在一个小阁楼中，居高凭窗能看到家中烟火冲天，不禁失声痛哭，吓得大姑妈急忙过来捂住他的嘴，说：“现在到处捉拿马进士（指马福禄）家的人，你还敢哭？”
马福禄跟着汤彦和回到兰州后，汤彦和被参失职，却力保马福禄忠勇可用。陕甘总督杨昌浚委任马福禄为团练，收编马福禄的义勇队为地方武装，并命他增募士卒，编成步兵和骑兵各一营，命名为“安宁军”。马福禄自任督带兼步兵总管，让四弟马福祥任骑兵管带。这样，马福禄的义勇队成为正式官军。
甘肃反清烽火四处燃起，而陕甘总督杨昌浚束手无策，其他高级将领昏庸无能，清廷只好不远千里，火速调任新疆喀什噶尔提督董福祥到甘肃督办军务，武力平息农民武装暴动。九月，董福祥从新疆入关，到达临洮。
马福禄当时率安宁军由北路援河州，驻扎在莲花渡（今刘家峡水库），听到董福祥前来，便单人独骑到河州白塔寺迎接董福祥，向董福祥介绍了战乱的前后始末和战斗情况，并陈述了剿灭起事民军的策略。
马福禄的表现让董福祥感到惊奇。
董福祥初来乍到，对此地平民暴动的内情还不清楚，马福禄及时进见陈述，让他了解了情况，并迅速作出了镇压起义军的策略。他利用马福禄去诱降河州起义首领马永琳、马永瑞兄弟，化解了河州守城清军的压力，自己则率主力避开民军正面设置的坚固防御工事，绕道其后，迅速解除了河州之围，继而会同陕西巡抚魏光焘和新疆巡抚陶模的军队，乘胜向西进攻，解了西宁之围，甘肃民间起义队伍因此全部瓦解。
在战斗过程中，董福祥率队平定米拉三沟民军的时候，被首领马采哥率部围困在马营一带，马福禄和马福祥率队驰援，深夜奇袭马采哥大营，混乱中马采哥仓皇应战，被马福禄一刀劈下首级，击溃了马采哥的部队，解了董福祥的困境。董福祥夸赞马氏兄弟“真良将也”，从此倚之为左右手。
然后，董福祥命马福禄专办河州善后事宜。所谓“善后”，就是对起事义军及其家属进行安置处理。董福祥采取“先抚后惩”的策略，要求办理善后事宜要严惩起事的首要人物。马福禄严格执行董福祥的命令，首先杀了反清首领马永琳、周世祥全家，然后屠杀四乡起事平民。他先是扬言“既往不咎，凡自动来降者给予种子、耕牛，安家立业”，把曾参与起事的群众骗诱到米拉三沟，然后进行集体屠杀。马福禄每天要杀一百多人，因上交人头不便，改交耳朵，称之为“验耳”。
河州平定后，马福禄因功被编入正式部队，并增募五营兵力，与“安宁军”合并共七营兵力，改编为“简练军”，马福禄为统领，马福祥为帮统。然后董福祥所率甘军调京驻防。马福禄便跟着董福祥率部开赴北京，保卫慈禧太后和皇帝。
光绪二十六年（1900年）夏天，英国海军中将西摩尔率八国联军在天津登录，在八里台一战中直隶提督聂士成战死，八国联军随即西向进攻北京，清廷命董福祥率甘军开赴廊坊，抗击八国联军。
光绪二十六年（1900年）夏天，英国海军中将西摩尔率八国联军在天津登录，在八里台一战中直隶提督聂士成战死，随即西向进攻北京，清廷命董福祥率甘军开赴廊坊，抗击八国联军。
马福禄统领所部马步七营，奉命调守天津紫竹林法租界以及杨村一带阻击。聂士成阵亡后，大沽炮台失守，八国联军乘火车进攻杨村，与马福禄所部接触。
在这里马福禄打了一场精彩的阻击战。他命令骑兵部队隐蔽于工事之内，步兵两翼迂回埋伏，等敌人接近时才开枪射击，使侵略军“倒者如仆墙”，死伤惨重。随即敌人枪弹如雨倾泻而来，马福禄命令起兵迅速散开，减少伤亡，步兵从两面包抄到后面，与敌人短兵相接。骑兵也乘势反攻，正面冲击。马福禄亲自冒着弹雨闯入敌阵，与敌人喋血肉搏。一贯骄横的侵略军没想到遇上这样的硬手，支撑不住，仓皇乘火车逃逸。
这一战打破了西方侵略者“只要一小队的外国军队，就可以在整个中国从这一端到那一端长驱直入”的神话，史称此役为“庚子之役第一恶战”。西方列强也不得不承认这是“欧洲人在亚洲人面前的丢脸”。
之后，马福禄奉调随董福祥进入北京城，防守正阳门。不久董福祥的甘军奉命攻打东交民巷使馆区。围攻使馆区的还有义和团和荣禄的武卫中军。武卫中军驻扎在东交民巷以东地区，董福祥的甘军驻扎在东交民巷以西和以北地区。
但这是一场从一开始就透着奇怪的战斗。
董福祥的甘军尽全力进攻使馆区，首先攻破奥国使馆，又攻克了比利时、荷兰、意大利使馆和俄国道胜银行。但荣禄的武卫中军只是虚张声势，打的炮虽然隆隆作响，其实全是空炮，并不肯真正攻打。而且荣禄还处处阻挠甘军的战斗。董福祥和荣禄发生了矛盾。
一天，董福祥为了攻打外国使馆去向荣禄要大炮，荣禄却极尽嘲弄，哂笑着让他找老佛爷要去。董福祥急于要炮，大中午赶过去找慈禧太后，慈禧正在悠闲地画竹子花。董福祥奏请说荣禄是汉奸，应将荣禄革职。慈禧生气了，训斥了董福祥，说他不过是甘肃的一个土匪，被迫投诚效力，小有功劳，现在的举动简直就如同贼寇，让他立即退出，再不许随便入内。就这样把董福祥赶了出来。
其实，攻打使馆区，就是慈禧导演的一场闹剧，目的是把义和团所代表的广大群众反帝斗争的情绪发泄掉。她一方面派军队与义和团共同攻打使馆区，做做样子，另一方面暗中又派人给使馆送去粮食瓜果。
董福祥的甘军只能孤军作战。
马福禄奉命率队进攻英使馆。战前，马福禄对马福祥说：“我辈惟有恪遵朝命，以身报国”。
英军在使馆前设置十道栅垒，直逼正阳门。马福祥率队先攻破二道栅垒，马福禄率领所部又连夺七栅，只剩最后一栅。这个时候时间已经到了夜间，英军组织精锐部队乘大雨反攻，马福禄亲率敢死队冲锋，当他大呼杀敌飞跃前进的时候，一颗流弹从他口中射入。马福禄阵亡。马福禄的堂弟马福贵、马福全，侄子马耀图、马兆图以及将士百余人也在这一战中同时捐躯。事后清廷封马福禄为“振威将军”。
正阳门一战，马福祥亲眼目睹兄长和亲族战死，受到巨大的震动。后写诗纪念此役：
城阙高九重，炎热石欲裂。入夜暴风雨，沛如江河决。敌忽跳踯来，锋刃相劘切。仲兄躬督战，当者皆摧折。天黑地如绠，淫霖无休歇。凭凭雷鼓嗔，烨烨电复掣。胜负猝难辨，两军各流血。仲兄践尸登，猱升破扃鐍。飞弹突入唇，一朝成永诀。齿嚼龈为穿，身殒名不灭。可怜骨肉间，五人同战殁。戚族繁有徒，捐躯更惨绝。振臂励将士，吞声泣幽咽。击退虎狼群，好收忠义骨。
战后马福祥去见董福祥，痛哭流涕，请求解甲归田。董福祥严厉训斥了他，又以报国复仇之大义相劝解，马福祥才打消辞官回家的念头。于是董福祥命他接替统领马福禄的位置，统帅简练军。
当时马福祥只有二十五岁，开始独立走上政治舞台。
