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银川虽被收复，但方遭兵乱，物资财富被洗劫一空，百姓无家可归、无隔宿粮、亟待救援的大有人在。省财政库空空如洗。只有六十万人口的宁夏小省，在经历马仲英部队抢劫后又增加了两三万军队，军需粮饷等仓促间无从着落，门致中决定由各县分摊，但几万人的部队，每天的伙食经常是连咸菜也吃不上，更无军饷可发。一天，吉鸿昌和二十二师师长李抡祥二人共同签字写一条子，派副官向门主席要两千块银元。门致中说，银行已让马仲英抢光了，无钱可给。吉和李二人对此极为不满。
过了两天，吉鸿昌散发戏票，邀请城内及城厢百姓到银川城里看戏，并约门致中莅临。开戏之前，吉鸿昌先对百姓讲话：“宁夏驻军不能固守城防，致令马仲英陷城，百姓生命财产遭受重大损失。我进步迟缓，又令百姓多受痛苦。百姓以血汗供应军队，军队不能保护百姓，这是我们失职的地方，也是愧对百姓之处，以后当竭力保卫地方，使百姓安居乐业，特请诸位前来，表达此意。”随后，吉鸿昌又询问门致中，对伤亡官兵抚恤办法以及部队维持费如何拨付等问题如何解决。门致中感到为难，表示无能为力。
但是没过几天，门致中却在省政府大摆宴席，给自己举办婚礼。已经五十多岁的门致中，娶了端王的二孙女罗毓贞为妾。正在举行婚礼，忽然有成群结队的伤兵闯入省府，在酒席宴前向门致中索要军饷，并直接涌入洞房，七嘴八舌地喊叫：“我们是攻克宁夏城受伤的，今天特来向门主席道喜讨赏。”围攻了许久，伤兵才陆续散去。门致中为了暂避风头，外出视察县政，出城门的时候，却被守门的卫兵阻拦，告诉他：主席出城，必须向吉师长报告。门致中盛怒之下要打卫兵，但卫兵还是不让出。门致中只好给吉鸿昌打电话，吉鸿昌不接，一直留难多时，才批准门致中出城。等他视察归来，时间是半夜了，城门的卫兵又像出城时一样拒绝他进城。
五月的一天，吉鸿昌和师长李抡祥合谋，突然发动兵变，二十二师官兵包围了省政府，解除了门致中手枪卫队的武装，将门致中软禁。门致中鉴于这种形势，自觉不能与吉鸿昌并立，知道宁夏不可再留，哀叹道：“此乃逼我离去，我走，让他来统治。”于是向吉鸿昌表示：“我身体不好，想去西安就医，至于今后宁夏省政府的事情可听任吉师长处理。”吉鸿昌慨然同意。
不久，门致中全家在郑大章的护送下离开宁夏，前往西安的国民革命军总司令部，谒见冯玉祥述职。
吉鸿昌送走门致中，即分别通知各县县长：“门主席已离职，由今天起，如门主席在县提款，由该县负责，省府不予承认。”随即召集各厅长及省府所属单位首脑开会，会上吉鸿昌说：“门主席已离职，省政不可一日无人负责，特请大家商讨办法。”与会者一致声称：“匪患未除，四郊多垒，主持省政，非公莫属，我等即分电总司令及刘主席，陈述宁夏情况，请公摄行省政。”会后，吉鸿昌就要求省政府秘书长为他拟主席就职誓词，准备第二天就任省主席。秘书长劝他说：“门主席今天才离开，你明天到省府就主席职，且又未经过冯先生许可，似不相宜。”吉鸿昌说：“门致中不干了，我来替他干，这是革命，谈不到相宜不相宜。”
就任主席后，吉鸿昌亲笔书写下座右铭：“公正纯洁，为做事而做官；训练民众，使知四权，运用政治；注重下层工作，适合一般需要”，并压在自己办公桌的玻璃板下。为了告诫和勉励部属，还把这段话题写在自己的相片上，分别赠送给他们，表明自己救国救民的政治态度。
不久，国民军代总司令宋哲元和甘肃省政府主席刘郁芬复电，同意吉鸿昌暂代主席职务，但不要发表就职通电了。吉鸿昌于7月24日在宁夏省政府礼堂举行了就职仪式。事后，吉鸿昌对幕僚说：“我是耍赖才当上宁夏省主席。我这个赖，是赖着要给老百姓多做点事，才显出咱与他们有所区别。”
为了让民众有事可以直接找省主席解决，吉鸿昌用宁夏省政府主席名义发了一个通告：“父老们，你们有困难事情吗？请到省府来，我一定想办法替你们解决！”并把这个通告分别在城市及各乡镇张贴。自此，省政府门庭若市，找吉鸿昌反映情况、解决问题的群众很多。吉鸿昌不惮辛苦，一一接见，并派副官负责、书记笔录。对于问题和困难，当时能解决的当时解决；一时不能解决的，便指示有关部门调查核实，限期解决。当时担任吉鸿昌警卫员的安正海回忆说：“警卫员们见吉主席整日接待来访群众，疲惫不堪，曾几次将来访者挡驾回去。事后被吉主席知道，将他们几个人狠狠剋了一顿。”
为了改变政府机关的工作作风，吉鸿昌每天黎明便召集各厅、局、处长及省政府全体工作人员，在省政府门前举行朝会，依次点名，决定各部门和单位当日应办之事，遇到有报告和请示事宜，当即决定处理和解决办法。他还组织了“吏治考察团”，分赴各县考察，力求为民兴利革弊，整饬吏治。他主持发行了宁夏历史上第一份铅印报《宁夏醒报》。该报为四开印张，报上辟有“读者来信”专栏，欢迎各界人士对地方行政工作加以评论，提出建议和批评，以监督政府工作。农历七月十五，一年一度的北塔庙会十分热闹，吉鸿昌命人在庙会沿途张贴“官吏是民众的公仆！”等大幅标语，开展宣传。有一次，吉鸿昌便装带警卫员下乡视察，路遇一家饸烙面馆，店主认出来人是吉主席，一定要请吉主席吃一碗饸烙面。吉鸿昌盛情难却，看又是地方风味，就吃了一碗，吃完付钱，店主再三推让拒收，只好作罢，回到省政府后，立即买了一份厚礼，让警卫员送过去，以示酬谢。
夏收时节，吉鸿昌下令全省境内驻军，用骡马为民间代耕代种，或借给百姓耕种，派出部队帮助修路造桥，以利商旅，并告诫部属不得借故勒索财物。他派出部队帮助农民收割庄稼，自己亲自带领警卫队，到银川市北塔附近帮助农民收割麦子。当农民群众端着饭菜前来慰问，吉鸿昌哈哈大笑说：“我是自愿来的，又不是你们叫来的‘麦客子’，还要管饭吗？”农民说：“省主席给农民收麦子，我们还没见过。”
年底，冯玉祥电令吉鸿昌率部迅速增援陕西潼关，开赴河南参战。中原大战酝酿在即，冯玉祥重新部署兵力，对陕、甘、青、宁四省的军政负责人员，作了调动，调吉鸿昌率所部两师到河南前线。
吉鸿昌正要大展宏图，在开发大西北、建设新宁夏方面干出一番事业，遇此调动，不肯前行，但在军令和石敬亭的一再催促下，只好郁郁离宁。临行前，指定宁夏省民政厅厅长马福寿代理省政府主席职权。到达西安后，又当面向石敬亭陈述：“甘宁青为我西北军根据地，不宜轻易放弃，我愿仍回宁夏，看守老家，并为全军筹集粮饷。”石敬亭说前方紧急，让他先把部队开到潼关。到潼关后，吉鸿昌自称“开发西北总指挥”，并印制了名片，名片背面印着他的三项主张：“一、反对内战，安定民心；二，实行兵工政策，开发西北；三、枪口不对内，中国人不打中国人”。
