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就在马福祥稳步发展仕途看好的时候，推倒大清王朝的辛亥革命爆发，武昌起义得到全国响应。
1911年10月22日，陕西人张凤翙在西安起义，杀死清朝将军和副都统，成立军政府，影响波及甘肃、宁夏、青海、新疆，各地革命党和会党纷纷响应起事。
巨变来得太突然，陕甘总督长庚与陕西巡抚升允急忙整顿、扩充甘肃军队，准备东征镇压革命起义的军队。马福祥也受命招募十营兵力，所部改为昭武军，参加东征。
攻陕先锋人选，陕甘总督长庚看中了步兵第二标标统马福祥。
镇压农民起义，马福祥有丰富的经验，自然知道剿杀起义是扩充实力仕途发达的良好机遇。这一次，面对命运垂青，马福祥却拒绝了。
他提出了一个让长庚难以回绝的理由：“服制未除，呈请终丧”。他要回家为父亲守孝，父亲马千龄于去年八月刚去世。
这就是一个托辞。其实，自幼读书的马福祥，具有敏锐的眼光，看到全国各地响应武昌起义，感觉清王朝气数已尽，“度专制必不久，共和必告成”。所以他暂时保持观望态度，留守兰州。
马福祥的亲家，甘州提督马进祥也告诉他：“我在南方任职多年，看清了目前的形势，这次军民起义，是革命性质，不是一般的变乱，要慎重应对。”
马福祥干脆躲回河州老家，为一年前去世的父亲守孝。
就在他从兰州回往河州的同时，另外一个人，却兴高采烈地从河州向兰州进发。此人正是马安良。
因为马福祥不肯前往，允升只好把重任交给马安良，改任马安良为前锋。
马安良，其父为马占鳌。马占鳌在太子寺一战中大破清军，然后审时度势，提出投降清廷，并派自己的长子马七五带领其他首领的儿子们前往左宗棠大营请降，左宗棠非常高兴，亲自为马七五改名为马安良。马安良在父亲病卒以后，继承父职，成为董福祥所率甘军的重要力量。辛亥革命之前，马安良一直镇守河州。现在，接到镇压革命起义的命令以后，已在临夏蛰居长达十年之久的马安良，立即赶往兰州。马安良认为这是一次难得的机遇，并且牢牢地抓住了这次机遇。
他趁机从河州、循化等地招募农民七千人投军，编成二十营兵力，自任统领，扩充了自己的实力。陕甘总督衙门从德国购买了五千支毛瑟枪，加上之前左宗棠存放在军械库里的两千支来复枪，全部拨给马安良，让马安良以精良的装备武装到了牙齿。马安良迅速做大。这也让他狂妄起来，不把陕西革命军放在眼里，声称要“马踏华阴庙，火烧长安城”。
然后他率领军队开拔东征，预备先行剿灭陕西革命，行至定西，接到陕甘总督长庚的急令，令其分兵前往宁夏镇压革命起义。
原来，陕甘地区的同盟会会员，决定把宁夏作为甘肃起义的重点，并派会员来到宁夏与当地哥老会联合反清。宁夏会党头目刘华堂等人加入了同盟会，响应陕西起义，于11月19日发动革命起义，捕杀宁夏镇总兵贺明堂，推宁夏道孙廷寿为大元帅，建立宁夏革命军政府，宣布宁夏独立。
马安良命其子马麒和马麟率领西军快速赶往宁夏进行镇压。马麒率西军骑兵杀气腾腾，奔赴宁夏，12月下旬到达，首先开始攻打灵武，守城军民经过英勇反击，终因武器缺乏寡不敌众而失守。马麒攻入城后进行了血腥屠杀，然后又迫不及待地渡过黄河直奔银川，会同宁夏镇守步兵及民团，攻打银川城。经过战斗，双方伤亡很重，由于清军施离间计，导致革命起义队伍内部失和，银川失陷。攻破银川后，马麒“敞刀三日”，大动屠刀，杀害革命党人、哥老会党和城中百姓一千四百多人，并沿街逐户大肆搜抢财物，奸淫妇女。为了抢夺妇女的耳坠，将耳朵都割了下来，甚至连城隍庙中神像身上穿的红袍都剥下来拿走。然后西军沿路往平罗、石嘴山一带追击，所到之处，杀人放火，奸淫掳掠，无恶不作。到了平罗，前来欢迎的三百多群众也遭到杀戮。进入平罗县城，沿街搜杀，逐户抢掠，平罗知县李九波跪请封刀，得到的答复是“奉命屠城，不分良莠，一齐杀绝”。西军烧毁了从沙家牌坊到岳王庙巷一道街的数百间民房被，抢掠财物无数，杀人四五十名，其中大部分都是一般群众。
杀掠之后，马麒率部向东加入攻陕部队，将所掠财物，装满一百多辆大车，对外称是军队辎重，全部运往河州家中。
宁夏地区经此一劫，元气大伤。因马麒所率西军杀戮过甚，受到舆论所谴责，很多本地人士到兰州和北京告状，几年后这里的百姓提起西军仍然会发抖。
在清军攻打宁夏围攻陕西的过程中，马福祥收到了秦州（今天水）清军统领黄钺的一封信，信中说秦州已经和川陕革命军政府联络，决定起义，劝马福祥在此鼎新革旧之际，不要模棱两可保持观望，应该率部南下与即将成立的秦州军政府联成一体。
黄钺曾留学日本，加入了同盟会，与黄兴关系密切。辛亥革命中，他先劝长庚审时度势，不要举兵攻陕。长庚不为所动，黄钺只好请兵驻守秦州，名为阻挡陕军进犯甘肃，实则为了牵制马安良等人进攻陕西。面对当时的形势，他认为只有率秦州驻军起义，才能扭转局势，实现共和。但他军力单薄，便四处寻求支援。看到马福祥不肯前往绞杀西安革命，便给马福祥写了一封信，进行联络。
马福祥没有答复黄钺，保持沉默。
第二天，黄钺领导秦州起义，宣布独立，成立甘肃临时军政府。甘肃全省为之震动，陕甘总督长庚惊慌失措，立即调兵前往攻打秦州。
第三天，也就是1912年3月12日，南北议和协议达成，清帝溥仪正式下诏退位。在甘肃，长庚和升允却不肯将诏书公布于众。但他挡不住清帝发出退位诏书的消息。
马福祥看出清廷大势已去，难以挽回，便去找长庚商量，探查他对今后局势的态度。长庚颓废地躺在家中，最终不得不将溥仪的退位诏书公布出来，并表示今后“地方的事，大家觉得怎样好，看着办好了，尽可由地方人自作主张”。
自此长庚不再过问政事，并将陕甘关防和王命旗十二面，交给代理布政使赵惟熙为首的一些地方封建官僚，不久后离开甘肃，取道宁夏去了北京。
退位诏书一公布。马福祥立即放弃观望，主动介入各派势力的调解，为共和而奔走呼号。
他联络甘肃布政使赵惟熙、省咨议局议长张林焱和士绅王之佐、慕寿祺署名，向袁世凯北洋政府发出电报，公开表示拥护共和。袁世凯政府随即任命赵惟熙为甘肃临时都督。
马福祥和王之佐等人联络省内外甘籍人士，倡导组建甘肃省临时议会，推举李镜清为议长，包括自己在内的三十几个人为议员，主张承认共和。
甘肃省临时议会“命令攻陕的马安良、马麒、陆洪涛等人撤回兰州”。
马安良是与陕西革命党乾州激战的时候，在乾州的城头上，从革命党散发的传单里，得知末代皇帝溥仪退位。
陕西革命党致信马安良：“你们再执迷不悟，袁宫保将派姜桂题大军进剿。你们将死无葬身之地。”
马安良才恍然大悟，在阵前惊呼：“被允升蒙蔽了。”
于是他立即命令部队休战，和陕西革命党首领张云山私自会晤，秘密表示愿意拥护共和。
接到临时议会的命令马安良带兵悄然返回兰州。总督赵维熙命马安良出兵秦州，消灭秦州临时革命军政府。大战又将一触即发。
关键时刻，马福祥站了出来，提出赴秦州谈判，劝导黄钺交出兵权，实现甘肃统一，进入共和。他认为甘肃近来战乱不已，加之自然灾害严重，又看到马安良在宁夏杀伐抢掠酿成惨祸，因此此时力推保境安民，消除遍地烽火之势。他主张和解，并愿意主动作为甘肃省方代表，到天水与黄钺的代表周昆谈判。在临时议长李镜清的支持下，马福祥独自到秦州和黄钺谈判，黄钺决定以大局为重，交出兵权，取消秦州革命军政府，只身离开甘肃。
袁世凯政府数次向马福祥发出任命。 先任命马福祥为阿尔泰护军使，但他不愿离开甘肃，没有到任。 后任命马福祥为西宁镇总兵，马福祥仍然没有就任。袁世凯政府再次任命马福祥为西宁镇总兵，兼署西宁办事大臣，却受到甘肃提督马安良的极力反对。
马安良带兵回到兰州，大骂马福祥：“阳洼山的马家小儿，一仗不打就软了，投机取巧，世故圆滑，拥护共和的电报难道我马安良不会给他袁大头发吗？”
但是马安良军权在握，实力强劲，仍然被任命为甘肃提督。甚至甘肃总督赵维熙手无兵权，也只好依附马安良。马安良不无感慨：“当官就要当领兵的官，有兵的官才是草头王。”手握兵权让马安良一时无比狂妄，坐镇兰州，把持甘肃军政。他把自己的西军分成五个分统，自己居中指挥，称为“总统”，与民国大总统袁世凯一个称谓。兰州民间都称马安良为“西北天子”。
为了扩大自己的权威，掌握甘肃省的核心权力，马安良打算将自己的提督衙门迁到兰州，受到临时议会的反对。马安良以武力逼迫议长李镜清离开兰州后，派人在老家刺杀了李镜清，还说：“那个省议会自称神圣不可侵犯，现在我杀了他们的议长，就像宰了一只鸡，看神圣有何神通。”
马福祥被任命为西宁镇总兵，兼署西宁办事大臣。马安良极力反对，亲自到赵维熙的总督府问难，强迫赵维熙收回对马福祥的任命，并要求任命自己的部下马麒担任西宁总兵。
赵惟熙无可奈何，只好亲自上门宽慰马福祥:“你是清白、正直之士，国家贤能有用之才，不必与彼等相争，为避免事端，最好请你去宁夏， 因宁夏总兵张子克辞职， 而内蒙古发生独立运动， 请你到宁夏就近剿抚。 ”于是改任马福祥为宁夏镇总兵。
面对实力强大的马安良，马福祥再一次选择了退让。得到委派后，马福祥立刻前往赴任。
临行那一天，马安良也前来送行，就在马福祥启程之时，马安良的部下押解来两个人，说是斗殴伤了提督府的人，就地将二人砍头。马福祥一看，这俩人正是自己属下昭武军的士兵。面对马安良的挑衅，马福祥再次选择了隐忍，劝解部下不要争斗，强忍怒气离开兰州，前往银川。
当时的宁夏道隶属甘肃省，为甘肃最富庶的地区，黄河穿流而过，形成黄河灌溉地区，素有“塞上江南”的美誉，古称“天下黄河富宁夏”，是一块美丽肥沃的地方。宁夏北出绥蒙，东接陕北，具有重要的战略地位，马福祥有了这块地方，为他立足和发展提供了重要条件。
