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孙坚见吕布与黄林等三人已逃脱，追赶也占不到便宜也就没有追赶，他们率领手下进城灭火、打扫皇室宗庙，填补被挖开的各处陵墓。
此时，曹操带领队伍与孙坚分兵出函谷关，到新安、黾池之间，以截断董卓后路。
董卓带领手下直达长安，为了安抚众将，他召集众将说：“关东诸将战败几次了，干不出什么名堂了。只有孙坚有点生气，各位将军要小心。”于是他派东中郎将董越驻扎黾池，中郎将段煨驻扎华阴，中郎将牛辅驻扎安邑，其余中郎将、校尉分布在各县，以抵御山东的军队。然后建都长安就在紧锣密鼓中进行着。
牛辅不能退敌，但也被击败，所以牛辅自然与“白波贼”僵持，一部分兵力被牵制。黄巾余党十余万，战斗力固然不强，造成的影响也不会很大，但这件事对于董卓来说，是一个不容忽视的大事。本来就没有完全在洛阳站稳脚跟，黄巾余党又来骚扰，真让董卓头疼，这也是董卓丢弃洛阳迁都长安的原因之一。
董卓的两位心腹爱将是胡轸与吕布，但是两人显然不和。李催和樊稠不和，到后来的李催和郭汜不和。武将尚且如此，那些军师、谋士之间也融洽不到哪儿去。但是董卓是个精明人，他不会不清楚他手下人之间分争之事，只是处理起来不是那么简单。况且他手下都是虎狼之将，护着谁偏袒谁，后果他是知道的。所以凭这些问题，他想这些将领在洛阳附近与关东联军交战时间长了，万一临阵哗变，可不是闹着玩的，不如战略后撤，到自己的地盘，稳稳控制住局势，也收收人心，然后再做打算。这也是他放弃洛阳到长安建都的另外一种想法。
董卓废少帝是为了树立威信，迁都一来避其锋芒，二来可以将皇权拉入自己管辖的势力范围之内，来更好的挟天子以令诸侯，使得关东联军营救天子的计划流产。这样一来反而更难约束关东以外的军阀势力，以至发展至群雄割据的局面。早在洛阳时，董卓就有了迁都长安的想法，但内心也有一点犹豫不决，于是召公卿来，看看公卿们有什么看法。
当时司徒杨彪提出：“迁都乃是天下大事，如今天下太平，无故就迁都，担心百姓被惊扰，列强、流寇趁迁都聚众引起骚乱怎么办？”
董卓的却说：“关中地区土地肥沃、富饶，以前秦朝就是在关中地区起家而灭了六国。如今要是迁徙到长安，假如关东联军胆敢有轻举妄动的，用我强大兵力足以震慑他们。”关中地区金城千里、号称“天府之国”和“四塞之国”。从秦汉之际的国内形势来看，关中、关东人口最多、是最为发达的地区。而从政治、经济、军事的地位上看，关中地区处于极其有利的位置。首先，它境内土地肥沃，物产丰富，又有附近巴蜀地区农业和西北畜牧业的支持，经济发达；其次，它四周为秦岭、北山山系及黄河所环绕，有四塞为固；北有萧关，西南有散关，东南有武关，东有函谷关等，形成一个进可以攻，退可以守的特殊有利地位。正是这种得天独厚的地理优势，保证了秦国的发展并消灭了东方六国，完成全国政治、经济、文化的统一。何况长安是关中地区的中心城市，又有西汉建都根基，选择迁都长安是非常合适的。”董卓这段话已经流露出他早有了预见，关东联军有可能要攻击他，迁都长安是他唯一的选择。
司徒杨彪说：“如果迁都，动起来很容易，说迁过去就迁过去，但迁都以后想要安定却很难。又因为长安旧皇宫已经败落了，修复起来也很麻烦。”
董卓似乎早已经考察好了，他说：“在杜陵南山脚下，有制造修建城垣专用材料砖窑、瓦窑厂好几千家。另外，木料也不愁，可以从西凉伐木运至长安。”
杨彪见董卓主意也定也就无话可说。
董卓在面对关东联军时，其实真正让他恐惧的不是那支数量庞大的联军部队，而是害怕其中的几个人。这几个人是，曹操，孙坚，袁术和韩馥。董卓在迁都之前，曾找过曹操共谋大事，把自己的实力、计划都和曹操讲了，结果董卓没有想到，曹操没有被自己拉拢，反而起兵反叛。曹操的才能董卓自然了解，能文能武，年富力强。而曹操最了解董卓的底细，使董卓不得不作出一些战略的改变。
孙坚，屡次击败董卓手下悍将，让董卓吃惊不小，这个孙武后代同样具有超人的胆略和武勇，与之对敌，耗费很多精力。
袁术在反董卓联合军里面，是官职最高的，官拜后将军，拥有正规武装自不必说。董卓担心的是袁术强大的士族人脉关系，如果袁术与袁绍联合，再呼吁一下全国袁氏祖上的门生故吏，其后果也是不堪设想的。 还有韩馥，他统治了当时的冀州，兵强马壮。其实，袁绍只不过是一个小小的太守而已，可惜韩馥不是个凶悍的武将，处处妥协寻求和平。否则，依韩州牧的实力，消灭袁绍就象一只狮子捕捉一只小羊那样简单。这样的实力，怎么能不让董卓担心。
一开始，在关东联军没有出现内讧的时候，给董卓的感觉是齐心协力、奋勇向前的。尤其是孙坚和曹操，表现抢眼。甚至曹操提出了灭董计划。曹操说：“各位，听我的计划，现在我们应该由袁绍，引河内之兵，到达孟津；酸枣有张邈、刘岱、桥瑁、袁遗等军队，可守成皋，据敖仓，塞住轘辕、太谷，完全控制住各险要之地。由袁术率领南阳之兵，攻丹水、析州，入武关，用以震动三辅。但各军都应作高垒深壁，不要出战。多作疑兵，表示天下形势，正已造成各地豪杰联合围攻董卓之势，以顺应天下之心，诛讨逆贼。这样行动，成功的大势可以立时而定。”
曹操这个策略叫“单纯局部包围网”。不能说曹操这个策略不对，而是这个策略需要各路豪杰悉心配合。
董卓及手下谋士则编织了另外一个更大的一张网。董卓迁都长安，保留实力，撤至后方，利用招安手段拉拢韩遂、马腾，逐步免去后患。然后，利用献帝的名义，给予刘焉（益州）、刘表（荆州）、刘虞（幽州）、刘繇（扬州）等汉室宗亲高官厚爵，收买他们为保卫天子名义起兵，同时命令公孙瓒（北平）、张杨（上党）、孔融（北海）、陶谦（徐州）等关东联军外围的州郡长官形成四面八方的大网进行整体全局包围。一旦关东联军向西进入洛阳腹地，董卓大军固守函谷关等重要关隘，其余部队开始收网，关东联军三十万大军恐怕犹如草芥一般，被围歼于洛阳腹地。
然而，关东联军并没有形成合力，而是各自心怀鬼胎，甚至互相厮杀。从而让董卓迁都长安之后，坐视这可笑的混乱局面。
吕布和以前丁原手下的一班并州官兵在董卓的阵营中是非常受排挤的，而且矛盾比较激烈。尽管董卓极力拉拢吕布，但是并州和凉州两支人马之间仍存在着尖锐的矛盾，特别是吕布自从知道董卓占有自己的二房妻子之后，对董卓已经处于敌视情绪，他随时要找机会与他算帐。
董卓的部下与吕布产生敌视情绪，虽然不能直接归咎于董卓的指使，但其手下的态度会直接影响了吕布及其一干并州将士对董卓的态度，双方的矛盾也会不断加剧。董卓当然也对吕布不放心，所以把吕布牢牢的控制在自己的身边，根本不让吕单独与他的旧部接触。
吕布和董卓的较量在暗中进行着，既然矛盾和敌视都存在，董卓还要继续使用吕布，这是董卓的判断出了问题，没有预见到吕布会有如此大的反应，更没有想到他身边的小妾明月居然是吕布的二房妻子。造成董卓判断失误的主要原因不是他对吕布不了解，在他看来，吕布所有的一切都是自己赐予的，吕布乃一介武夫，政治头脑又差，就算他对自己有什么不满，都不会闹到势不两立的地步。
然而，董卓最大的隐患是吕布。吕布正在寻找机会，要一举消灭董卓。
