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西汉初年，汉高祖不喜儒学，使儒家的学术源流几乎断绝。惠帝废《挟书律》，使诸子学说复苏，其中儒、道两家影响较大。在学术思想发展的低潮中，道家的黄老无为思想为汉初统治者所提倡，居于支配地位。文、景时期，出现了由无为到有为、由道家到儒家的嬗变趋势。武帝即位时，历经文景之治，社会经济已得到很大的发展。与此同时，随着地主阶级力量的强大，需要从政治和经济上进一步强化专制主义中央集权制度。
建元元年（公元前140年）太尉窦婴、丞相田蚡还荐举儒生王臧为郎中令，赵绾为御史大夫，褒扬儒术，贬斥道家，鼓动武帝实行政治改革，甚至建议不向窦太后奏事。好黄老的窦太后对此不满，于次年罢逐王臧、赵绾，太尉窦婴、丞相田蚡也因此被免职。儒家势力受到打击，但武帝在建元五年（公元前136）置《五经》博士，使儒家经学在官府中更加完备了。建元六年（公元前135），窦太后去世，儒家势力再度倔起。
元光元年（公元前134年）武帝召集各地贤良方正文学之士到长安，亲自策问。董仲舒（公元前179年－前104年）在举贤良对策中提出建议，“诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”。汉武帝对董仲舒的这种大一统思想非常赏识，将这个“罢黜百家，表章六经”政策付诸实施：太常（即奉常）之内所设的“博士”官职只有儒家学派才能充当，而且只能研究《五经》。将不治儒家《五经》的太常博士一律罢黜。选拔官吏，也以儒家学说为标准。于京师长安设立太学，由博士担任教师，以儒家《五经》为主要教材，不学习其他各家学说。学生由国家供给费用，只要被认可研究毕业，即被任命担任地方政府的官员。这就是历史上有名的“罢黜百家，独尊儒术”。
以孔丘为创始者的儒家法律思想，是建立在以家庭为本位，以伦理为中心，以等级为基础的法律制度和意识形态。主张“礼治”和“德治”，也就是“人治”。孟子主张仁政。荀子强调道德教化。汉初儒家主张将仁政与法治结合起来，以德为主，以刑为辅，重视道德教化，较妥善地处置了德与刑的关系，符合逆取顺守的治国方略。董仲舒也对儒学进行了改造：天人感应论，使伦理道德神学化； 君权神授说，为君主专制的合理性提供了神学的论证；三纲五常说，进一步强化了儒家的宗法思想。
自“罢黜百家，独尊儒术”以后，官吏主要出自儒生，儒家逐步发展，儒家思想成为此后二千年间地主阶级统治人民的正统思想，有益于地主专制制度的加强和国家的统一。儒家思想成为思想意识形态的单极，没有了百家争鸣的局面，桎梏民族思维，使学术自由从此成为后代士子的奢望，中华民族为此付出极其高昂的代价。
当然也有人怀疑汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”的真实性，认为是儒家信徒班固为了提高儒家思想的地位，捏造了事实。《汉书·董仲舒传》中记载董仲舒提议的原话为“推明孔氏，抑黜百家。”《汉书·武帝纪赞》中记载汉武帝的做法则是“罢黜百家，表章六经”。真相是汉武帝“推明孔氏，抑黜百家”，突出儒家学说的地位，抑黜百家而没有“罢”。这导致了历朝历代只关注“罢黜百家，表章六经”。即使是虽然不罢的“抑黜百家”，经多代的“抑黜”，也自然罢掉了百家。不管怎么说，儒家思想成为此后二千年间地主阶级统治人民的正统思想却是不争的事实。
儒家后续的发展，尤以理学有名。理学发展的集大成者朱熹（1130年-1200年）继承了北宋两程的思想，进一步完善和发展了客观唯心主义的理学体系，后人称之为程朱理学。其核心内容为：“理”是宇宙万物的本源，是第一性的；“气”是构成宇宙万物的材料，是第二性的。把“天理”和“人欲”对立起来，认为人欲是一切罪恶的根源，因此他提出“存天理，灭人欲”。朱熹的理学思想影响很大，成为元、明、清三朝的官方哲学（地主社会的意识形态更趋完备），《四书章句集注》成为钦定的教科书和科举考试的标准。明朝王守仁（1472年-1529年）继承陆九渊强调“心即是理”之思想，反对程朱通过事事物物追求“至理”的“格物致知”方法，提倡“致良知”，从自己内心中去寻找“理”，“理”全在人“心”。在知与行的关系上，强调要“知行合一”。王守仁强调个人的能动性，具有要求冲破封建思想禁锢、呼吁思想和个性解放的意义。明末清初，则有黄宗羲（1610年-1695年）批判君主专制政治，提倡“法治”反对“人治”，反对重农抑商。顾炎武（1613年-1682年）批判理学，反对君主专制政治，强调“经世致用”的实际学问。王夫之（1619年-1692年）认为“气”是物质实体，“理”是客观规律；提出“气者，理之依也”和“天下惟器”的唯物主义观点。他用发展观点来看待历史，认为历史发展是有规律的，提出在政治上要“趋时更新”。
