在黄巢派出使者四处招降的同时,他派朱温率军前去占领邓州,防御东南方向江西、湖北的唐军,阻止该路兵马赶来增援长安,并预防万一失败可作为退回江南的通道。朱温经过20多天的强行军,一路拼杀直逼邓州城下,一举攻破率军进入邓州城,这是朱温就任大将军之后取得的第一个胜仗。
就在此时,经过郑畋的努力联络,唐朝军队对大齐军形成合围之势,联军攻破咸阳直逼长安,在郑畋、王重荣、朱玫、王处存、李孝昌和拓跋思恭等几路大军的威逼之下,黄巢连夜撤出长安城驻扎灞上。消息传来,大齐朝廷任命的同州(今陕西大荔)刺史王溥,华州刺史乔廉,商州刺史宋岩弃城投奔朱温。除宋岩与朱温有些私交没有受到处罚之外,其余二人被朱温下令立刻斩首,并飞马奏报黄巢,危难之际的黄巢得到消息称赞不已。由此可以看出朱温杀伐果断,手段狠毒的性格特点。
此时唐军已经进入长安城,遗憾的是远在成都的流亡朝廷调度不力,几路大军没有总指挥,各自为战号令不统一,唐军士兵入城之后开始抢劫,城内的百姓再次遭殃。见此情景黄巢当机立断,趁夜率军杀入城中,混乱中的唐军纷纷撤出,长安城再次落入敌手,城中百姓一夜之间换两次主人,连连遭受兵灾,没过上一天安心日子。这是唐朝廷调度兵马的一次重大失误,如果提早诏命其中一员大将统一发号施令,黄巢不可能二次占领长安城,或许在长安外围就能将他打败。
蔡州(今汝南)刺史秦宗权的辖区与邓州相邻,他当然不愿意看到朱温占领邓州,于是亲率大军攻来打朱温,意欲将朱温赶出邓州,独霸蔡州和邓州。由于刚刚落脚邓州三个月,根基尚未稳固,城中百姓还没有真心归附,加之寡不敌众,朱温战败退回长安。因为新朝建立之初唐军就反扑过来,各条战线的情况不是很理想,只有朱温在邓州取得一场胜仗,并且果断杀掉弃城逃跑的王溥和乔廉,在军中树立正面典型,所以黄巢不仅没有责备他,而且亲自出城灞上(今西安东面)迎接,并加以安抚,号召全军以他为标杆,不要为暂时的困难所吓倒。
黄巢虽然重新占领长安,可是周边的唐军一直对他虎视眈眈,大大小小的交战持续不断,然而大齐所占领的地域有限,兵源补充、粮草供应等难以为继,黄巢为此焦躁不安。为巩固新政权,朱温退回长安数日后,黄巢就命他率部主动出击攻打朱玫,希望以此扭转局面。朱温果然不负众望,发挥他猛打猛冲的优势,率部向朱玫冲杀而来,一仗就大败朱玫于涝水和渭水之间,并乘胜杀过渭河,相继攻占高陵、栎阳等地,威逼河中地区。黄巢看到朱温的战斗力如此强悍,对他更加倚重,信心再次振作起来。
紧接着,黄巢再次派朱温与右军统孟楷率军乘胜北进,对唐军的李孝昌和拓跋思恭部发起攻击,此时唐军依然没有形成协同作战,任凭二人与朱温大军苦战,无人救援,经过激烈交战,终于大败唐军于富平,李孝昌和拓跋思恭向北退去,各自回到原来的驻地鄜州和夏州,黄巢终于解除来自北面的威胁。李孝昌和拓跋思恭部实力较强,也是最早出兵救援长安城的将领,不想朝廷指挥调度如此不力,导致二人被朱温打败,心灰意冷不再参与围攻黄巢。击败李孝昌和拓跋思恭对整个战局影响很大,朱温取得了连战连捷的胜利,威望迅速上升,成为大齐朝廷所倚重的一员大将。
大齐军队看到朱温连连获胜,士气再次振作起来,黄巢积极调度各路兵马与唐军厮杀成一片。由于唐僖宗逃到成都之后由田令孜把持朝政,而田令孜却忙于与兄长陈敬瑄搜刮民脂民膏,胡作非为,导致兵马调度不畅通,依旧各自为战,这个阉货对国家的危害实在太大。一年多时间大齐与唐军相互攻伐,形成拉锯战,陷入僵局谁也无法消灭谁。
哪里都有小肚鸡肠的小人,由于朱温的威望上升过快,最早在冤句参加黄巢起义的一些将领开始嫉妒他,尤其以孟楷为首。孟楷在造反之初就追随黄巢,待黄巢建立大齐登基称帝的时候被封尚书仆射,官位高于朱温,而此次二人率部北进取得大胜,各自都觉得自己的功劳大,自此相互产生隔阂,发展到后面相互拆台,最终朱温归唐,大齐新朝失去一名优秀的战将。黄巢作为最高统治者,没有协调好这一矛盾,为朱温日后与自己倒戈相向埋下了祸根,最终导致造反大业昙花一现,自己殒命沙场。
朱温自击败李孝昌和拓跋思恭之后驻守富平,黄巢非常欣赏他的军事才能,882年正月命他攻取同州,并允诺攻占之后就任同州防御使。而此时同州隶属于河中节度使王重荣的辖区,黄巢此番安排主要是让他来对付王重荣。当朱温率大军向同州杀奔而来的时候,同州刺史米诚自知不是朱温的对手,弃城而逃。朱温轻轻松松就占领同州,飞马向长安报捷,黄巢立刻派使者携诏书任命他为同州刺史。这是朱温第一次就任一方大员,军政大权集于一身,实现了从土匪到一方诸侯的华丽转身。王重荣于是恨得牙根痒,只是目前大齐军队一直在周边作战,暂时还不敢轻举大军来夺取同州,担心其他齐军趁机端掉自己的老巢。
此时朱温也算有点小成就了,静下心来不免思念远在萧县的母亲,自己投身起义军以来,已经有5年没有回家,也不知道母亲还好不好,大哥生活得怎么样,自己的儿子和二哥的两个儿子是否吃饱穿暖,还有在宋州偶遇的那位张惠小姐,也不知道还有没有机会再见到她。自从二哥在广州战死之后,身边一直没有亲人陪伴,尽管有几个侍女照顾自己,但毕竟不是亲人,夜深人静的时候不免有些伤感。
朱温成为掌管一方的诸侯之后,居然在千里之外的同州再次遇上梦寐以求的到张惠小姐,成全了一段美丽而的传奇爱情故事,而张惠成为他的妻子之后,以容克刚对他的事业帮助很大,成为佳话。