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此时长安方面并不安宁，唐昭宗削藩蜀中失败，讨伐李克用也失败，雄心壮志在现实面前只得低头，当然这并非他之过，历史对昭宗的评价不过是为父亲和兄长埋单，晚唐就是在他们的折腾下才变得千疮百孔。昭宗即位之初曾是一位雄心勃勃的青年，不过此时已经无力回天，各藩镇已经变成尾大不掉，无奈只得日夜借酒消愁。
凤翔节度使李茂贞离长安最近，眼看皇帝逐渐消沉，觉得自己主宰大唐的机会终于到来，到处用兵扩大地盘，朝中大臣斥责他轻慢朝廷。李茂贞也不示弱，直接写信侮辱皇帝：“没本事就不要干那些事，早知如此何必当初？”唐昭宗阅罢大怒，再怎么软弱我也是大唐皇帝，还轮不到你指手画脚，于是派宰相杜让能率禁卫军攻打李茂贞，李茂贞深知禁卫军不过是花拳绣腿，激怒他的目的就在于此，立即率军反击并将杜让能打败，杜让能只得逃回长安。
李茂贞率大军直抵长安城下，声称杜让能嫉贤妒能，鼓动陛下无端猜忌大臣，要求将其斩杀，其实就是威胁皇帝，你不杀他我就杀进长安城。唐昭宗当然知道来者不善，无奈在宫中来回徘徊，彻夜不眠，杜让能无愧于乱世忠臣，得知实情后挺身而出：“陛下，眼下只有牺牲我才能保住长安，我愿意领死保全朝廷。”唐昭宗含泪与之告别，并赐予一杯毒酒，李茂贞这才罢兵，从此大唐皇帝的威信扫地，李茂贞等军阀愈发嚣张。
与此同时河中也发生内乱，早年节度使王重荣被部将所杀，拥立弟弟王重盈接任，没几年王重盈病逝，正当众将为继位人选犯难之时，李克用凭借手中武力向朝廷奏请王珂复位，因为王珂既是王重荣的养子，也是李克用的女婿，唐昭宗不敢得罪李克用，当即应允下诏。可是王重盈两个儿子王珙和王摇不服，准备发兵攻打王珂，不过二人知道自己不是沙陀兵的对手，于是写信向朱温求援。
朱温的手段实在太高明，不仅希望河中闹越乱越好，还要借助其他力量牵制李克用，王珂其实也是王重盈的儿子，不过从小过继给伯父王重荣，朱温决定借此做文章挑起内部矛盾，于是回信王珙兄弟，说自己正忙处理朱瑄和朱瑾的事，一时半会腾不出手，王珂早年过继给伯父，没有资格即位，你们可以写信给李茂贞、王行瑜、韩建等三位节度使，三人一定为你们主持公道。
王珙兄弟按照朱温的建议写信给这三位节度使，这三人当然不愿看到李克用的势力增强，立即向唐昭宗陈述他们的意见，要求由王珙、王摇其中一人接任，唐昭宗前面已经答应李克用，当然不能随意更改，只好婉言拒绝。三人于是带兵前去长安讨说法，逼迫唐昭宗杀掉宰相韦昭度及宦官十几人，声称昭宗的所作所为都是韦昭度等人怂恿，实际就是逼宫，可怜的唐昭宗无奈，只得重新下诏书让王珙接替河中节度使。
李克用得知消息火冒三丈，心想要做这种事只有我李克用才有资格，就凭尔等蠢货也敢造次，于是带上自己的儿子李存勖率大军前往长安。三人听说李克用的大军已经来到黄河边，预谋劫持唐昭宗去凤翔再着打算，昭宗在神策军的保护下提前逃往南山，这是昭宗当皇帝以来第一次逃跑，并派使者催促李克用赶紧前来救驾。李克用接到来信后非常兴奋，渡过黄河急速进兵，王行瑜派自己的邠宁军前去阻挡，没几个回合被沙陀兵击败，大败而逃。
李茂贞一看形势不妙，立即致信李克用认怂，并对部将们说：“算了吧，沙陀兵吃人肉，我们吃粮食，打不过他的，赶紧撤回凤翔再说。”李茂贞和韩建各自撤兵，李克用派人往南山接唐昭宗回长安，并让他下诏诛杀王行瑜等三人，不等皇帝诏书便率军围住王行瑜的邠宁城。王行瑜赶紧在城头喊冤：“是李茂贞劫皇帝，不干我的事，望李将军明察。”李克用当然不与他废话：“对不住了王公，皇帝下诏让我诛灭你，我作为臣子不敢抗旨啊！”那当然是狗屁话，明明是李克用自己的主意。王行瑜有自知之明，知道自己的邠宁兵无法与沙陀兵抗衡，只能选择逃跑，最后在逃跑的途中被部属杀掉。
为表功李克用，唐昭宗封他为晋王，看着11岁的李存勖样子挺可爱，小小年纪就显得英武十足，昭宗轻轻抚摸他的头说道：“这孩子将来的成就不亚于他父亲啊！好好历练今后为朝廷效力！”从此李存勖多了一个别名叫“李亚子”。唐昭宗说这话应该害臊，自己都朝不保夕，还声称让人家为你效力，没有强大的武力作为后盾，皇帝说话也不顶用。李存勖后来继承父亲的凶悍，灭掉朱温的后代建立后唐。李克用此次长安之行完全达到目的，心满意足回到太原。
唐昭宗经李茂贞一番羞辱愤恨不已，回到之后长安决心组建一支完全听命于己的军队，并安排自家的宗族兄弟领兵。李茂贞实在是一个难缠鬼，得知消息后不乐意，心想你要组建军队来对付我是吗？马上率军攻打长安，唐昭宗只得逃往华州投靠韩建，这是他第二次逃跑，都是向祖爷爷和兄长学得，不丢人。李茂贞进入长安城之后纵兵抢劫，百姓再次遭殃，最终韩建出面调停，唐昭宗将李茂贞封为岐王才算平息，以致后期李茂贞以岐王而自居，成为乱世政权之一。
李克用回到太原就听说朱温快要灭掉朱瑄，心想大事不好，得想办法牵制住朱温，不能让他独霸中原，以免日后对自己构成威胁，于是再次派兵支援朱瑄。朱温看到李克用已经腾出手来插手中原，局势已经发生变化，只得下令庞师古撤掉围困兖州的军队。这次撤兵，庞师古也耍了朱瑾一次，密派人故意四处宣扬，主将庞师古率军北上抵抗李克用，仅留老弱病残继续围住兖州。庞师古白天大摇大摆出去，晚上悄悄回来，朱瑾果然上当，趁夜派兵出城袭击，汴军从后面一阵冲杀，朱瑾损兵折将赶紧跑回城中不再出来，庞师古这才撤离兖州，率兵回到边境驻扎，继续监视朱瑾等待机会。
经过一连串的失败，朱瑄兄弟再也没有实力与朱温对抗，只能做最后的垂死挣扎，彻底灭掉他只是时间问题，朱温基本控制中原全境，接下来他将伸手向黄河北岸，与老冤家李克用再次较量。
