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黄巢撤出长安城之后再次成为流寇，沿途烧杀虏抢，向东一路掠夺来到陈州，逗留陈州城郊外长达半年之久，可怜百姓再次遭殃，扶老携幼纷纷逃离家园，跑进深山躲避兵灾，中原大地一片荒凉。此时朝廷对谁都不信任，面对黄巢的毒害，只得以利益诱惑军阀之间彼此相攻，于是任命朱温为东北面招讨使，任命感化军节度使时溥为东面兵马都统，二人负责领兵剿灭朱温昔日的上司黄巢。
面临艰巨任务，无能之辈当成苦差事，而善于抓机遇的人却视为好差事，同样一件事不同的人看法不一，人生道路往往截然相反。朱温无疑是善于抓机遇的人，他正是借助剿灭黄巢的机会，逐渐在众多藩镇中崭头露角，成就一番霸业。
陈州刺史赵犨（chōu）向朱温求救，此时朱温的实际职务只是宣武军节度使，算是征讨大军的主力之一，单靠自己的军事实力不足以剿灭黄巢，好在有朝廷任命东北面招讨使的招盘，虽然表面只是一个空头衔，但是政治意义不小。于是在朝廷的帮助下，他用此头衔邀请忠武军节度使周岌和感化军的时溥，与他们合兵一处攻打黄巢救援陈州。
联军在陈州郊外与黄巢发生激战，此时黄巢的力量仍相当强大，多次交战不分胜负，黄巢依然死死围住陈州。朱温担心凭现有力量不足以荡平黄巢余党，于是向朝廷上奏请求增派兵力，朝廷下诏让李克用从河东（山西太原）赶来中原参加围剿。李克用欣然接受，现今黄巢已经成为众矢之的，何不趁此机会捞些政治资本，日后用消灭黄巢的战功作为筹码，向唐王朝索取利益。可是李克用来到中原战场之后，摆出一副我最厉害，谁都得听我的那番架势，导致内部不团结，其他藩镇的将领们心里不服气，不过大战在即先忍着，或许朝廷有意如此安排，让军阀之间相互牵制，防止一家独大。四路兵马浩浩荡荡向黄巢扑来，在陈州外围与黄巢军队激战40余次，双方各有胜负。李克用派河东“十三太保”率沙陀骑兵持续发动突击，来去如风犹如无人之境，黄巢叛军在敌方不断冲击之下分开成两堆，一堆围困陈州，另一堆驻守西华城。
朱温与李克用商议之后决定先破西华城，先易后难瓦解黄巢叛军，待时机成熟再一举歼灭。此时驻守西华的将领是黄巢的侄儿黄邺，他命人在城头上大骂朱温和李克用：“你李克用乃沙陀小儿，原本反叛朝廷当盗贼土匪，朝廷扔一块臭肉给你便甘心充当走狗；你朱三原是我伯父脚下的一只哈巴狗，是我伯父一路栽培你才有今天，现在你忘恩负义也变成朝廷的走狗，你们这两个反复无常的小人，猪狗不如，必定不得好死。”专捡最难听的话反复骂。
绕口舌没有用，根本说不清谁对谁错，谁的拳头硬谁就有道理，朱温示意弓箭手甭和他废话，搭弓就往城头上射去，连射好几箭都没有射中。朱温的儿子朱友裕在萧县由奶奶抚养长大，年少便开始舞刀弄棍，尤其来到汴州受到正规训练之后，箭术更是百发百中，此时跟随父亲在阵前，磨皮搽痒意欲表现一番。朱温示意一下朱友裕，他马上搭弓一箭射去，城上叫骂的人应声倒地，真乃虎门无犬子。李克用非常欣赏朱友裕的武艺，事后专门把自己使用的一副上好弓箭赠送给他。
朱温和李克用立即下令攻城，黄邺不敌弃城逃跑，一路向东投奔仍包围陈州的黄巢大军。二人率兵乘胜追击，一路杀到陈州外围，陈州城头上的守军看到救援大军杀来，信心大振打开城门出战，在内外夹击的打击下，黄巢大败率兵向东撤退，陈州之危解除，黄巢的部将葛从周、霍存、张归霸一起率残部归降朱温，逐渐成为朱温手下的得力干将。赵犨为感谢朱温的救援之恩，专门让地方富豪绅士为他修建祠堂供人供奉，并从此听命于朱温，成为朱温在中原的势力范围。
黄巢在向东撤退的途中，意欲趁机攻下朱温的老巢汴州，朱温得到消息后立即班师回来守卫，由李克用继续尾随追击。李克用一边追赶一边交战，黄巢的军队已成惊弓之鸟，无心恋战，既没有战略后方也没有后勤补给，只能边打边减少，一直退到黄巢的老家山东冤句。由于劳师远征加之后勤保障跟不上，李克用率军回撤，将追击黄巢的接力棒递交时溥。此时黄巢已经逃到山东地界，这是时溥的地盘，他当然不愿意看到黄巢在山东作乱，同时也想借助剿灭黄巢之功，向朝廷索取好处。
时溥率大军继续追击黄巢东逃，黄巢的大将尚让率兵殿后，与时溥大战于冤句。此时大齐军队已完全丧失斗志，一触即溃纷纷夺路而逃，尚让最终兵败被俘，不久被时溥杀掉，他的部下部纷纷投降，于是黄巢开始对部下起疑心，觉得谁都不可靠，甚至开始喜怒无常杀戮部将。如此一来只能加速灭亡的步伐，士兵夜晚成批逃离，天明仅剩兄弟亲族、外甥外侄及少量亲信。
884年6月15日，众叛亲离的黄巢所部已经不足千人，退入泰山狼虎谷（今山东莱芜西南），他自知末路已经到来，无奈只能仰天长叹，对自己的外甥林言说道：“我起兵以来10年间纵横天下，所向霹雳，但是取得成功之后没能做到急流勇退，所谓月满则亏，水满则溢，这是我失败的原因所在。我也做了几年大齐皇帝，人生足矣。今天固然有一死，你把我的人头献给朝廷，可保后半生的富贵。”说罢挥剑自杀身亡，时年50岁。
林言含泪割下黄巢的首级，打算向时溥投降请功，可是时溥贪功，杀掉林言夺得黄巢的首级，择日送往成都向唐僖宗报功。一代枭雄就此结束轰轰烈烈的一生，黄巢起义直接撼动唐王朝的统治基础，在历史上的影响是巨大的，但是他攻占长安之后急于称帝，贪图享乐，没有逃脱历代农民起义的历史规律，最终走向败亡。
通过清剿灭黄巢余党，朱温的地盘和势力范围不仅扩大不少，而且影响力在众多藩镇中迅速提升，不得不说老上司黄巢用生命成全了朱温。李克用、时溥等将领也得到不少好处，实力迅速崛起，成为威震一方的诸侯。黄巢被消灭之后，中原并没有如朝廷所想象的那样从此消停，这些并肩作战的军阀集团为了各自利益，又开始了新一轮的角逐。
