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郑洛随后前往大同、宣府，鲁光祖转任洮州副总兵。一晃到了来年二月，果然宁夏警报至，就在二月十八日，哱拜父子推举哱拜为主谋，刘东旸为总兵，哱承恩、许朝为左、右副总兵，哱云、土文秀为左、右参将，借口党馨克扣军粮军衣，杀死党馨，逼死总兵张推忠，扯旗反叛。叛军大言不惭，要求朝廷承认他们自封的官，准许他们世守夏，不然就联合套虏南下灵州，直达潼关。
哱承恩等攻陷玉泉营、中卫等，贼势汹汹，气焰嚣张。黄河以西望风而降，现在向兰州进兵。如果攻占兰州，庄浪、洮州、西宁危矣。
鲁光祖大惊，来不及多想，立即率部急驰兰州。哱承恩进攻兰州，鲁光祖等早有准备。看到久攻不下，哱承恩只得离去。
总督陕西、延缓、宁夏、甘肃军务的魏学曾命令各部迅速平叛，各路官军很快收回被叛军占领的四十七座城堡，但在攻击宁夏城时受阻，魏学曾被免职。甘肃巡抚叶梦熊临危受命，和讨逆总兵李如松，监军御史梅国桢随同出征。
叶梦熊命令鲁光祖立即率领鲁家军赶赴宁夏，共同剿灭哱拜叛乱。
鲁光祖脑海里不断浮现哱拜狂妄、傲慢、无视法纪的嘴脸，非常厌恶，他期望彻底剿灭，以绝后患。但他担心哱拜与套虏相勾联，对平叛造成极不大利。
鲁光祖刚与大军会合，叶梦熊立即给他下达作战任务，就是切断套虏与哱拜的联系，彻底掐断哱拜的妄想。
叶梦熊说：“鲁总兵，你要尽快率兵出击，首先正告鞑靼必须信守朝廷与他们通贡互市的约定，劝说他们不要插手此事，否则朝廷就不会再给他们留一点情面。各路大军必将迅速出击，坚决彻底消灭他们。”
“是！”鲁光祖得令，上前一步：“各位大人，我有个建议不知当讲不当讲？”
“你讲啊，我们听听。”
“我觉得这次宁夏平叛，一定要‘打蛇打七寸，斩草要除根’。哱拜的‘七寸’是什么？就是狂妄骄奢，目中无人。因此，首先要从心理上，从精神上彻底击跨他。为什么说要斩草要除根？因为我多次和哱拜打过交道，知道他手下早就野心膨胀，图谋不轨。他手下的两千鞑靼家丁都是亡命之徒，一旦留根必然祸患无穷。”
叶梦熊、李如松、梅国桢互相对视了一下，都点头称是。
“怎么狠狠打击哱拜嚣张气焰？”李如松问。
“首先，利用叶大人带来的炮轰击宁夏城，哱拜等必然胆颤心惊。其次，要彻底切断城中与鞑靼的联系，城中孤立无援，哱拜等必然惊恐万分。然后一鼓作气攻城，宁夏城定然唾手可得。”
“你说的不错。‘攻心为上，攻城为下’。只要彻底摧毁哱拜的心理防线，哱拜就会束手可擒。你快去准备吧！”梅国桢说。
“好的！各位大人，我还有一事相求：要断了鞑靼的驰援之心，也得震慑住他们。请叶大人给我调派一些大炮，给鞑靼迎头痛击，杀杀他们的嚣张气焰，他们就不敢再轻易妄动。”
“好，就给你调派十门大神铳，十门灭虏炮，再配上五十辆轻车。等打败鞑靼，让他们速到城下。”
叶梦熊不但是一位杰出的军事家，也是一位杰出的军火专家。在长期的征战过程中，他先后制造了大神铳，灭虏炮，轻车等火炮。大神铳、灭虏炮是重型火器，轻车是一种名副其实的轻型战车。这次平定宁夏叛乱他就带来了数量可观的炮火。
“得令！”鲁光祖欣喜万分，返回营地，迅速安排战事。
鲁光祖还未完全准备好，早有哨报说，又是哱拜重金贿赂鞑靼舍达夫、火落赤等要前来策应。鲁光祖立即率领大队人马出击，在宁夏城外三十里处鞑靼军相遇。他下令炮兵一溜摆开，骑兵箭上弦，刀出鞘，在炮兵后严阵以待，准备冲锋。
一会儿功夫，烟尘滚滚，马蹄声声，鞑靼援兵就到了眼前。领头的鞑靼兵一看这阵势，自然有些胆怯。
“来者何人？要到何处去？”鲁光祖立马横刀在“鲁”字旗下，大声喝问道。在空旷的原野，他的声音就像是惊雷。
“我们是火落赤台吉部下。”对方一阵乱嚷嚷。
“我现在正告你们：朝廷与顺义王已签订隆庆和议，你等必须遵守约定，不可恣意妄为。现官军正围剿宁夏城哱贼叛乱。你们若无故侵扰，朝廷有令，格杀勿论！并剿灭巢穴！”
舍达夫年轻气盛，大刀一挥：“弟兄们，别听他胡言，给我上！”说着纵马向前，手下也嗷嗷嚎叫着催马赶过来。
“开炮！”鲁光祖看鞑靼骑兵全部进入炮火射程，立即下令。“轰轰轰——”几十门大炮一齐开火，立刻把鞑靼骑兵炸得个七零八落。没有中炮的鞑靼骑兵战马受惊，四处乱撞。
“杀——”看敌人损失严重，阵脚大乱，鲁光祖一马当先，杀向前去。蒙古鞑靼惊慌逃窜。鲁光祖率部一口气追了五六十里，方才停止追击。
战斗结束后，鲁光祖立即挑选四路精干哨兵，在宁夏城外四周百十里处仔细巡哨，一有敌情，立即报告，大队人马稍作休整。
叶梦熊、李如松等指挥各路兵马把宁夏城围得外铁桶似的，四面都用炮火轰击，宁夏城上一些比较薄的垛口被轰了个稀巴烂，城上的角楼也燃起了熊熊大火。
叛军不甘心被动，便开启北门，由哱承恩亲自带队冲杀出来，但怎么经得住官军炮火攻击呢？只好又缩回城里。
之后明军通过挖地道，放火烧门，云梯等方式攻城，都遭到了叛军猛烈反击，一时进攻陷入被动。
战斗陷入胶着状态，李如松邀请大家再次查看宁夏城地形。叶梦熊、梅国桢等发现宁夏城地形低下，形状就如同一个大锅里的锅底。
“用水攻！”三个人不谋而合。
叶梦熊立即指挥明军在宁夏城四周筑起一千七百余丈的长堤，防止河水外泄。然后决开黄河大堤，引水灌城，要水淹宁夏城。
顷刻间，宁夏城外被滔滔黄河水淹没。见此情况，叛军如惊弓之鸟。哱拜眼看自己就要成为瓮中之鳖，赶忙派人偷偷出城，带着大量财物，请求鞑靼支援。河套鞑靼卜失兔、庄秃赖得到重金，立即率三万骑兵，以土昧铁雷为前锋，风风火火前来解围，著力免、宰僧率领万骑做呼应。
面对来势汹汹的强敌，叶梦熊、梅国桢、李如松知道彻底击溃援敌是宁夏决战胜负的关键，为此，他们立即商议如何给予鞑靼以致命一击，彻底扫清外围干扰。
这时，鲁光祖前来求见。
“好，把鲁总兵请进来！”李如松说。
“各位大人好！”
“鲁总兵是不是有什么击退鞑靼的妙计？”叶梦熊问。
“各位大人，我真有一个不成熟的想法，请各位大人参考：你们看，鞑靼贼寇倾巢出动，孤注一掷不惜决一死战，后方必须空虚，我们何不乘机派一支轻骑，攻其不备，直捣他们老巢。后方既失，鞑靼军必然惊恐后撤，我们乘胜追击，必逐之于贺兰山下！”
“正合我意！”李如松抚掌叫好。
“那就好！鲁总兵，这个奇兵就靠你了。你立即点齐人马，备好口粮，今夜就悄悄避开鞑靼兵锋，神不知鬼不觉摸到敌后，直捣黄龙府，我让延绥董一元总兵配合你行动。”
鞑靼进攻遭到了明军顽强阻击，连战五天不能向前推进一步。就在这时候，接到后方来报，土昧铁雷巢穴遭到明军偷袭，损失惨重，一百多人被杀，上万只牛羊被掠去。偷袭者为洮河总兵鲁光祖，延绥总兵董一元。
“什么？”卜失兔、庄秃赖、土昧铁雷等闻讯大惊，哪有心思再为哱拜卖命。他们慌忙回撤，李如松下令乘胜追击，一口气把他们赶到了贺兰山下。
彻底击退鞑靼，李如松大喜，命令鲁光祖等把掠获的上万只牛羊，斩获的一二百敌首以及抓获的上百名俘虏摆到城下，城中叛军一见大惊，——没有外援，城破就在旦夕，于是人心更加恐慌不安。
为了彻底摧毁叛军最后一丝心理防线，叶梦熊作诗二首以蜡丸封寄哱拜劝降，其诗为：
其一
人世黄泉祇一遭，见机而作是英豪。眼前速把机关转，莫待临时赴市曹。
其二
莲出泥中不染泥，笼中跳出是男儿。分明说与封后路，方是人间事业奇。
看到叶梦熊的劝降诗，哱拜一言不发，抱头长叹。与此同时，叶梦熊下令立即围攻宁夏城。于是，宁夏总兵董一奎攻其南，固原总兵李昫攻其西，牛秉忠鲁光祖攻其北，刘承嗣攻其东，麻贵以游兵主策应。哱拜自北门出战，被麻贵赶回城。随之宁夏城防崩塌，李如松乘势下令攻城，鲁光祖随牛秉忠率先登城，一举攻入城内。叛军退入内城继续抵抗。
哱承恩眼见大势已去，开始为自己的后路着想，便用绳索拴住亲信张杰，将其从城上放下，潜入官军营中请降。梅国祯假意答应，当机立断决定使反间计。他命令鲁光祖访得城中一个与哱氏相识的人，叮嘱其依计行事。
哱承恩正在屋里发呆，忽然有人求见。原来是独眼跛足的卖油郎李登。
“你来干什么？”
“大人，我给你报喜来了。”
“报什么喜？哪来的喜？”
“大人有所不知，梅御史给您来帖子了。”李登说着把梅国祯的帖子递给哱承恩，并劝说道:“大人，谁不知道您哱氏一族有功于朝廷，如果与鼠辈一起因叛乱的罪名而被杀，那将是一件非常可惜的事，不如杀掉刘东旸将功赎罪。梅御史说只要你立功赎罪，他就保你无罪。”
哱承恩犹豫再三，勉强答应。
“这就对！大人真的是识时务者。”李登辞别哱承恩，绕了一圈，转眼间又悄悄来到了刘东旸、许朝的住所，他把梅国祯的帖子递给两人，为他们着想道：“哱氏首先倡乱，而两位将军本是汉人，一直被哱家所轻视，何苦代人受过？不如审时度势，弃恶从善，一定会转祸为福!”
刘东旸、许朝两人听后四目相对心动了。
情况危急，容不得犹豫。刘东旸、许朝随即密谋立即动手，力求自保。当夜，刘东旸以迅雷不及掩耳之势杀了土文秀，并得意地扬言:“这么好的头颅，不要让别人抢先割走了。”谁知，螳螂捕蝉，黄雀在后，哱承恩经过一夜思量，早已起了杀心。为了把刘东旸、许朝分离开各个击杀，他首先在南关附近布下圈套，以商量军机为由将许朝召唤过来杀掉，接着又指使在北关的亲信周国柱向刘东旸发动突然袭击。周国柱不辱使命，在刘东旸的背后拔剑将其斩成重伤。刘东旸负伤逃进厕所负隅顽抗，最终于事无补，惨死在那里。
杀了刘东旸、许朝，哱承恩自以为大功告成，便分别将许朝、刘东旸、土文秀三人的首级悬挂于城上，大开城门，放各路明军进入内城。
但是，叶梦熊认为鲁光祖说的没错——拥有大量家丁的哱氏一族不值得信任，为了杜绝后患他不惜动用尚方宝剑，命令部下将哱拜一族斩草除根。于是，等哱承恩到南门拜谒梅国桢时，被参将杨文所擒拿。接着，哱拜家亦被李如松部包围。哱拜在指挥家丁反抗失败后，仓皇间悬梁自缢，府中其他人也在绝望中阖室自焚。鲁光祖趁机抓获了哱拜的儿子哱承宠、养子哱洪大、土文德等。至此，宁夏叛乱全部平息。
