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平息了宁夏叛乱，鲁光祖这才赴凉州就任。
对于凉州，鲁光祖并不陌生。达云是凉州人，早先已向他介绍了凉州的历史，风土人情等等。对于这座西北古城，他充满敬仰。他知道从明洪武十年(1377)，凉州总兵对凉州城进行增修加固，把原有城墙加高一米；明洪武二十四年(1391）凉州总兵宋晟在原有东南北三门的基础上新修了西城门，挖了深6米的城壕，在北城墙的西侧独建一望楼，用来瞭望北方，瞭查敌情。至万历二年(1574)，甘肃巡抚廖逢节，总督石茂华又动员军民用城砖包砌了全部城墙。经过多次增修加固，凉州城成了名副其实的“金城汤池”。如今，凉州依然处于边防前哨，鲁光祖深知自己千万不敢大意，一定要提高警惕，加紧训练士卒，随时出击，打击来犯之敌。作为一名优等生员，鲁光祖骨子里喜欢中国传统文化，在繁忙的军旅生活的空闲时节，他拜文庙，登钟楼，走访名胜古迹，邀请西凉文人雅士吟诗作画，谈古论今，以抒胸怀。
明万历二十年（1592）的一天，春光明媚，鲁光祖在几个朋友的陪同下，来到了凉州城东北隅的大云寺游玩。
朋友们热情地向他介绍，大云寺是闻名遐迩的佛教古刹，前身为阿育王寺。东晋十六国时期，统治武威的为前凉张氏。前凉王张天锡因“宫中，数多灵瑞”，遂“异其事”。又听说王宫乃阿育王奉佛建造的八万四千舍利塔的故基之一，于是，张天锡在升平年间（363-376年）“舍其宫为寺，就其地建塔。”并将重建的寺院命名为宏藏寺。所建之塔因有许多神灵感应故事，故名感应塔。
至唐时，武则天于天授元年（690年）七月，在全国颁《大云经》，十月下诏各州郡修建大云寺，凉州遂将宏藏寺改名为大云寺。到唐睿宗景云二年（711年），又对大云寺庙进行了一次维修，在寺内修建了七级木佛塔，与张天锡所建塔相似。
西夏占领凉州后，这座塔仍完好无损，而且“灵应”更多。西夏天佑民安三年（1092年）冬天，武威大地震，导致佛塔倾斜。西夏梁太后及国王李乾顺崇奉佛教，相信这座佛塔有护国的神灵，为了旌表佛塔的“灵应”，便下诏动用大量人力物力和财力，于天佑民安四年（1093年）6月动工，重新修建装饰了感应塔及寺庙，第二年完工。将大云寺更名为护国寺，塔名“感通塔”，并立碑铭记。“感通塔”有许多神奇的传说。传说塔因年久失修、地基倾陷，导致佛塔多次倾斜，但每次塔身倾斜后，当夜就会风雨大作，人们竟能听见锤打斧凿的声音，第二天一看，宝塔已经直立如初。又传说，西夏惠宗时期，西羌来攻凉州，夜晚电闪雷鸣，塔的上面突然出现了几盏神灯，敌人见状大惊，恐慌退兵。西夏的第四代皇帝乾顺3岁时便继承了王位，母亲梁太后当朝理政。在她掌权期间，听说民间传有凉州护国寺感应塔能显灵，便叫人时时来向宝塔祈祷，果然对北宋用兵连年取胜。元代，大云寺基本保持了西夏时期修复的状况。可惜的是元末至正年间，寺庙毁于兵燹。
明洪武十六年(1383年)，日本净土宗第十一代弟子沙门志满，远渡重洋来朝拜佛教圣地凉州大云寺，看到寺院残破不堪，遂主持募化重修。只是现在“感通塔”也就是木塔还未修好。
“什么原因？”鲁光祖问。
“就是缺资金啊！”众人无不叹息。
“缺多少？那我捐俸禄修建够不够？”鲁光祖觉得自己与木塔有缘，理应支持修建。
“将军慷慨解囊，捐修木塔，功德无量啊！”大家齐声赞叹。
回到署衙，鲁光祖立即安排人让有关人员仔细算出修建木塔所需资金，前来署衙领取，尽快施工，早日保质保量建好木塔。在他的支持下，不久一座有飞檐、风铃，六棱六角十三级状如宝瓶的宝塔拔地而起。塔身每层东西南北都有门，东西各门能通人，南北各门供有石雕佛像不能通人。塔身周围层层塑有菩萨像，号称千千菩萨。塔身内空，通过螺旋式阶梯，可直登塔顶。大家为这座塔起名“大云塔”。从此大云塔与西边清应寺海子畔的“姑洗塔”双峰对峙，高插云天。再加上罗什寺的罗什塔并称“文笔三峰”，成为凉州八景之一。
到了万历二十二年（公元1594年），国泰民安，鲁光祖利用空闲在《鲁氏忠贞录》的基础上开始编修《鲁氏家谱》。《鲁氏家谱》保持了《鲁氏忠贞录》的体例，只在内容上做了增补。第一卷纶音，收皇帝敕文87道，谕祭文11篇；第二卷为赠言，收同僚所赠之序、诗、词，共128篇（首）；第三卷家谱，收鲁土司前八世的世系图、世传及外传。卷首请陕西按察司副使朱朝聘作序，卷末请南安郡守张居敬写跋。
再说达云担任西宁参将，尽职尽责，一时西宁无战事。
到了万历二十三年（1595）九月九日重阳节，不甘失败的永邵卜估计明军将士必定会在这一天过节宴饮，就带领精干士卒径直入侵南川。得到侦报，达云在要害处设下伏兵，命令番军绕到后面，暗中扼住敌军退路，而自己带精兵二千人正面迎敌。刚刚交战，官军伏兵突然涌起，永邵卜军首尾不能相顾，死伤敌六百八十多人，大败而去。达云亲手杀死敌帅把都尔哈，那些逃到峡外的，又被番军截堵，几乎全军覆灭。这次战斗官军俘获骆驼马匹兵器不计其数，成为西部边陲战功最卓著的一场胜利。达云所斩杀的把都尔哈，就是先前杀死李魁的人，作战的地方也是李魁阵亡的地方，时间又都是九月。当地百姓无不为此感到高兴。
达云获胜以后，估计敌寇一定会不甘心失败再犯，聚集兵力严阵以待。果然，过了一个月，永邵卜联合真相、火落赤各部，先包围番人的刺卜尔寨以引诱官军。番人不能支持，迫不得己投靠了永邵卜，永邵卜于是逼近西川。达云率领各军扎营在康绳沟，永邵卜等全部人马来势汹汹围困他，流箭飞石像雨一样。达云带领部下毫不畏惧，他们左冲右击，从早晨辰时直到黄昏申时，大战几十个回合。贼寇死伤不计其数，就用长枪钩杆专门攻击西宁军。训练有素的西宁军坚不可破。眼看取胜无望，又怕明军援军到来，永邵卜等不得不撤逃。官军乘胜追击大获全胜而回。等到贼寇战败迁到远方，达云立即招抚番人各部，恢复产业的有七千多户。捷报传到朝廷，万历帝非常高兴，派官员祭祀郊庙，宣布捷报。达云升为都督同知，荫袭凉州卫指挥使。
此后，永邵卜虽然接连入侵明沙、上谷，都被达云击退。不久达云升为总兵官，镇守甘肃。
看到西宁、庄浪边境年年有贼寇入侵，鲁光祖和达云都觉得，要从根本上解决这个问题，必须来一个大的战役，彻底消灭松虏收复松山，这样才能一劳永逸消除边患。为此他们联合上疏朝廷，请求收复松山。
松山所隶属庄浪卫，左拥兰、靖，右护凉、古，前逼庄浪。松山以西扒沙为凉屯地，松山以东芦塘为靖膏地，松山以南隆答、石炭以至红井都是庄浪屯牧之地。明朝初期，松山虽地广人稀，却也是亦耕亦牧的肥沃之地，没有鞑靼犯境的话，沟通中卫、凉州，并无阻隔。松山滩草原，广阔平坦，面积约100多万亩，这里气候阴湿，天然植被茂盛，牧草资源丰富，有名的岔口驿走马，就是这里的特产。正因为松山地理位置的重要，俺答因慕青海富饶，率部众自河套南下西进，经阿拉善、景泰、古浪、松山、庄浪袭据青海，一年后东还河套塞上时，就把宾兔部落留在松山住牧。宾兔因为松山水草丰美自适，召唤其兄弟着力兔、宰僧，儿子阿赤兔、额勒革、麻记等陆续从河套塞上迁往松山。松山鞑靼开始与河套鞑靼、西海鞑靼并雄一方，被明廷称为松虏、套虏和海虏，成为了鞑靼势力中最强悍的三支。万历十七年（1589）时，松虏酋长宾兔死，松山鞑靼由宾兔妻子胡把汉喇叭统领，胡把汉喇叭成了横行松山的女靼王。她抢掠百姓，逼开互市，还公开向庄浪参将扬言，如要松山鞑靼不像西宁鞑子那样“为非作歹”，就必须要多给厚赏。庄浪官军无奈，任其扬长而去。松山鞑靼已发展为联合套虏、海虏共犯的趋势，抢掠的范围也由庄浪、凉州二卫扩大到甘、凉、庄浪、肃、西宁五卫。如果松虏、套虏和海虏连成一线，后果不堪设想。朝廷只有控制了松山，才可以割断青海蒙古和河套蒙古之间的联系，军事上可处于主动地位，削弱蒙古势力，达到保境安民的目的。
朝廷同意了他们的请求，明万历二十六年（1598），兵部尚书兼三边总督李汶，大司马兼甘肃巡抚田乐、甘肃总兵官达云等奉旨收复松山。他们做出了周密的安排部署：首先由西宁兵备右布政使刘敏宽打败昌宁湖的青把都，然后驱逐了青海的永邵卜，解除了后顾之忧。接下来出奇兵分路进剿，一路从泗水出兵直捣扒沙，一路从黄羊川出兵猛击鱼沟，攻其腹背，一路直攻黑马圈河，共斩杀虏寇近千人，俘获黄金榜什等五百余人，阿赤兔部溃逃。战役取得第一阶段顺利。
后来阿赤兔等重整其部，联合青海鞑靼抵抗官兵，并于七月三日乘雨挖边，从镇羌、岔口越长城入青海。明军早有防备，迅速击退，打死卜打台吉等5名头目和50余名散众，其余败走，退入松山。战役取得第二阶段胜利。
九月二十四日，各路官兵并进围攻，西宁兵备右布政使刘敏宽挥戈青海，庄浪兵备按察使梁云龙控弦乌鞘岭之北，甘州副使李景元进击黄羊川，甘肃总兵官达云率官兵主力入黑马圈河，西宁同知龙应坚和凉州通判王伦、凉州副总兵鲁光祖整其军旅前后堵截。九月二十五日至二十六日，两河道官兵十万人会攻大小松山，俘获近千人，获牛、马、驼、羊一千五百多头（只），大小松山完全收复。松山战役结束后，为巩固边防，明廷于万历二十七年（1599年）修筑了松山城。同年三月至九月，由达云修筑边城，西从泅水堡铧尖滩汉长城起，东到景泰县乌兰哈思吉黄河索桥止，建起长城共约400华里，墩台三十余座，大小城堡七座，环松山于内，犹如一道天堑，保障了大小松山周围广大地区的安定。
甘肃兵备右布政司使崔鹏为纪念收复松山写诗纪念：
桓桓虎队出车期，漠漠龙沙奏凯时。
鲁灭全收唐土地，兵迴争拥汉旌旗。
葡萄酒冷征人醉，苜蓿花深戍马迟。
听取琵琶弹夜月，短箫长笛咽凉圻。
由于在一系列战斗中的杰出表现，万历二十八年(1600)，朝廷任命鲁光祖为南京大教场总理提督，管右军都督府事。
