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吕惠卿、程颢、章淳、晏正等到任后，为便于变法的实施，征得神宗帝的同意，专门设立了变法的管理机构：“置制三司条例司”。
有了机构，还得有具体的办事地点。
荆公早年在京视事，对周边情况熟悉，知道中书西边有一栋空闲着的阁楼，荆公找到内侍府奉宸苑，要下这栋阁楼，再派人将内外重新粉刷布置一番，便成了条例司视事的署衙。
熙宁二年二月二十七日，置制三司条例司正式成立。
为加强条例司的权威性与领导力，神宗帝特意选派军政两署要员枢密副使陈升之、中书参知政事王安石二人共同提举。
神宗帝还是放心不下，三月，又下诏告之各路州军发运、转运、籴粜、市舶、榷场、提点铸钱、制置解盐等臣僚：
“朕以理财之臣失于因循，法遂至大坏，现内外臣僚有能知财用利害者，详具事状闻奏，其诸邑人等其事理于置制三司条例司陈状，在外者即随所属州军投状徼条例司。”
此诏意图十分明显，即有关部门应绕过原有管勾全国财赋的三司，而直接与新成立的三司条例司为首的财权系统发生联系；条例司也可直接从各地听声音，收建议，寻得地方支持。
朝廷在置制三司条例司的同时，又在各路置提举常平司，作为条例司的地方财赋机构，推行新法。如此一来，朝廷有条例司为变法发号施令，下有各路提举常平使、发运使的悉心执行，逐渐形成一套垂直的变法管理体制，其他部门均无权向该司发号施令。
同是三月，荆公将正在京城候选的前大名府推官苏辙调进条例司，与吕惠卿同任条例司检详文字，负责朝廷变法的一切文字起草、整理等事务；由程颢、章惇任条例司编修；后将王子韶、李承之也调到条例司。按照分工，各司其责，各行其事，重点讨论起草青苗、均输、农田水利等法的新规及实施办法。
荆公见变法之事已经启动，这天正想去条例司看看，公人过来，说曾丞相叫他去政事堂有急事商议。
新官上任，自是少不了周围官员的的评头论足说三道四。富弼与荆公到中书任职不久，朝野上下就将中书连同原来的三位宰执一道既是夸奖又是讥刺地“赠送”了五个字，那五字是：“生老病气苦”。意思十分明显，即：荆公虎虎有生气办事有魄力，曾公亮年近七十人老体衰，富弼腿疾行走不便，唐介倚老卖老动辄生气，赵抃视事灰暗整日叫苦不迭。
荆公听到“五字诀”，也不放心上，这天来到政事堂，见左相曾公亮、右相富弼、参政唐介、赵抃四位宰执已候在那里。
“现在有个紧要事务。”荆公刚坐下，当值宰相曾公亮就说道，“刚才皇上把本官叫去，说前些日江南大雾，从泗州发往京师赈灾货物的纲船有两艘在汴河中沉没了。”
荆公大惊，立马想到多年来朝廷漕运中的纲船屡屡发生沉船事件，不仅损失了朝廷的大量财赋，更常常造成船毁人亡之恶果。记得他任三司度支判官时，夫人为他买来一位叫候缇的女子，一问，知那女子的丈夫是押运纲船的军吏，因纲船沉没，丈夫被拘，弄得家产荡尽，候缇只得来京卖身赎夫。荆公听了同情，当即给女子90万钱前去赎夫，方使其夫妻团聚。现听说又出现纲船沉没，荆公担心又会殃及无辜，于是问道：“丞相，这次纲船沉没，是天灾还是人祸？”
曾公亮道：“是天灾是人祸，目下尚不清楚。只是地方与东南六路发运司纠察无果，皇上震怒，诏令彻查，更令我中书督办。皇上说了，此次若纠察不出此案，便逐层追究责任。”说着，花白的眉头皱了皱，说道，“这督办一事，本该由分管司法的唐大人去，但唐大人说近日他的外肾疝气下来，行走不便，不得不改换他人。诸位大人看看，此次督办由谁去为好？”
曾丞相话音刚落，唐介立马说道：“王大人是最好的人选。”接着说了理由，“其一，王大人是江南人，对江南水性熟悉；其二，王大人在中书虽是分管财赋，但提举条例司，根据新规，这漕运也属条例司管勾，所以由王大人去督办此案最为合适。”
另一位参政赵抃立马赞成道：“唐大人说的极是，王大人威望高，办事充满智慧，这督办纲船沉没之事，只有王大人去，我们这头上的乌纱才能稳稳当当地保住。”说着，下意识地用双手将头上幞头左右移动两下。
曾公亮又看了看另位宰相富弼，问道：“富大人意见呢？”
富弼虽调到中书任宰相，但他明白，这是皇上拿他为人作嫁，并不是真正受到器重，因此说话办事都是刀打豆腐二面光，谁也不得罪，见五人中已有两人同意王参政去，便附和道：“下官看本案也只有王大人去督办才合适。”
五比三，还有何说？曾公亮这才问道：“王大人有何想法？”
荆公早已听出几位宰执话中意思，也不计较，只是想到：漕运既已属于条例司管辖，由他去督办，也属该当；再者，往日每逢纲船沉没，虽也是雷鸣电闪般追查一番，但最终都是雷声大雨点小，最后不了了之；这次由他督办，正好可以查个究竟，一旦查出纲船沉没的真相，便会让人看到他王介甫办事的轫劲及魄力，只有让人看出他办事的轫劲与魄力，日后实施变法，其他官员才不敢小觑。
想到此，荆公施礼谢道：“丞相，下官甘愿承担此任。”
曾公亮乐了，连连抱手感谢：“好好好，督办纲船沉没一事就这么定了。”
其他三位宰执自是欢喜，连连拱手说好。
神宗帝得到荆公要去江南督办沉船事件的消息，放心不下，急召到崇政殿，说道：“此纲船沉没，是天气使然，还是人为造成，尚不清楚。若是天气，倒也罢了；若是人为，那朕实在担心王卿此去的安全！”
荆公回道：“章惇武艺高强，晏正办事慎密，臣此去江南，有他二人在身旁，再加上石子的保护，安全是不会出问题的，陛下放心好了。”
神宗哪能放心，说道：“朕再给卿一人。”
“谁？”
“御拳师金台。”
荆公更是推辞，说道：“上次陛下将金台给臣做护卫，已被臣拒绝了，此次为何又要提起？”
神宗道：“上次与此次不同。上次只是到地方暗访，不易被人关注。此次是去督办沉船事件，且历来纲船沉没，都是波诡云谲，暗潮汹涌，所以此次王卿一定得将金拳师带上，若是遇上歹人，有他在，谅也无妨。”
荆公再次禀道：“金拳师是陛下的贴身扈从，为了陛下的安全，臣万万不可接受！”
君臣二人争执一番，神宗帝见荆公执意不受，只得再次叮嘱道：“既然王卿不肯带上金拳师，朕再叮嘱一句：此去督办纲船沉没，王卿万不可亲往一线。”
荆公谢道：“臣知道。”
神宗仍不放心，还是从侍卫司抽调二十位武艺高强的侍卫，跟随保护荆公安全。
事不宜迟，当天下午，荆公带着章惇、晏正、石子及二十位侍卫，乘了马车，离开京都，直奔泗州。
三月的桃花雨下得连绵。
这天，正在真州署衙犯愁的发运司使薛向得知荆公前来督办沉船事件，既惊又喜，当即将司里事务交由判官高步诚料理，自己带了催纲、排岸等官员，顾不得大雨滂沱，乘车提前赶到泗州。
不一日，听说荆公一行已到城外，薛向与泗州大小官员冒雨出城迎接。
进到驿馆，荆公也不休息，将薛向、泗州知州及有关官员召集到一处，问到纲船沉没及他们事前察勘的情况。
原来这东南六路的漕运，并非是每年各路将钱粮财赋收齐，就直接运往京师，而是根据“江船不入汴,汴船不入江”的规定，在真、扬、泗、楚四州各设立转搬仓，六路每年收缴的钱粮贡物，全就近运到此四地的转搬仓储存，尔后由汴河中的纲船从转搬仓装出漕运至京城。
薛向任东南六路发运司使伊始，朝廷即令他将所缺的赈灾及祭祀赏赐钱物火速运往京城，以供急用。薛向自不敢怠慢。谁知这年春雨连绵，大雾弥慢……
“雾太大，还是等大雾过后再起运吧。”面对连续的大雾，薛向不得不紧急与司里官员商议。
“是的，这数天内都是大雾，漕运是极其危险的。”相风旗也说道。
“这不行。薛大人，你从北方初来乍到，不知南方的情况，现在虽有大雾，但再过几天，不仅有大雾，更有狂风暴雨，到那时，汴河水涨，再加上风高浪急，弥天大雾，在那情况下漕运，远比此时更加危险。”判官高步诚坚决反对，见众人都看着他，又说道，“薛大人，京师遭受大灾，那里十万禁军的补给、文武官员的衣食俸禄、后宫的开销享用，百万市民的吃喝拉撒，还有那祭祀急需的赏赐钱物，都在急等着尽快运去，我们怎能为着一场大雾就延宕不发运呢？”
此话说得薛向心动：是的，大灾之年，京城百万之众都在企盼我们的漕运，如何能延宕？
薛向信了高判官的话，不顾相风旗、拨发司等官员的劝阻，毅然决定起航。
谁知就在起航的第三天，消息传来，汴河的漕运纲船沉没了两只！
薛向自是立马组织人员察勘、打捞，但终究一无所获。薛向急了，只得如实呈报朝廷。
