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大顺军攻克北京，崇祯皇帝吊死煤山，这个消息，对大江南北的明朝诸臣来说，无疑是一个晴天霹雳。远在南京的文武百官，一下子炸开了锅。
南京本是明朝开国京都，历经朱元璋、朱允玟两朝。到永乐朝时，朱棣为了北方的防务，迁都北京，南京作为留都，一直保留着六部、都察院、翰林院等一整套中央行政机构。当然，南京的六部衙门多为虚职，非常清闲。握有实权的，只是几个军事防务部门的头儿，如兵部尚书史可法，守备太监韩赞周。
这种一国两都制度的好处是，万一北京保不住了，皇帝把铺盖一卷，带着文武大臣，跑到南京马上就能办公。当大顺军向北京进军时，南京的官员知道北京多半保不住，做好了从海路迎接太子来南京的准备。北京失守后，南京六部的官员严密封锁消息，原因是皇帝和太子下落不明。
史可法甚至准备率兵渡江北上“勤王”。就要出发时，他得到一个消息，崇祯皇帝已脱离险境，离京坐船南下，马上就到南京，太子也从小道逃出了北京，快到南京。史可法等一班南京官员个个喜形于色，奔走相告。可是，没高兴几天，又传来截然相反的消息，崇祯皇帝自尽了，太子当了李自成的俘虏。
老虎死了，猴子就是山大王。北京没了，南京自然成了大明朝半壁江山的政治、经济和文化中心。莫非当年朱棣神机妙算，知道两百年后南京又是一个首都，因而，把南京作了留都？不管如何，拥立新君，拥谁为新君，成为南京留守诸臣面前的首要任务。论血统亲近，有三人合适，惠王、桂王、福王。惠王朱常润、桂王朱常瀛，都是神宗皇帝的儿子，崇祯皇帝的叔叔。在中国历史上，还没有皇帝的叔叔在皇帝侄子死后继承皇位，倒是有不少皇帝的叔叔在侄子还没死时抢皇位的。
惠王、桂王，一个封地在荆洲，一个封地在衡州，让大西军赶到广西去了，来南京少说要走两三个月，“国不可一日无君，”这样一来，反倒让流窜到淮安的福王朱由崧近水楼台先得月。朱由崧是神宗的孙子，当年若不是东林党捣乱作梗，他早当皇帝了，轮不上崇祯朱由检。因此，东林党人如今真担心一旦朱由崧当上了皇帝，会找他们秋后算帐。于是，江南士绅中部分东林党人史可法、马士英等，从狭隘的一己私利出发，以福王昏庸为名，坚决反对。
提及内中隐情，要追溯到天启朝时，为反对老福王继统和老福王之母郑贵妃干政，东林党人已和福王结下不解之仇。为防止朱由崧登位之后趁机报复。东林党人推举钱谦益为首，以立贤为名，大张旗鼓地搬出了一个莫名其妙的继承人——潞王。钱谦益门下学生郑森，也就是郑成功，极力支持自己的老师，赞同推举潞王，理由是贤明。
潞王血统偏远，自然缺乏继立的理由。但他的所谓贤名，赢得了许多人的同情和支持。其实，抛开潞王是否真贤不说，封建王朝的嫡长子继承制，自有其现实考量。当时政治以内阁负责，即使皇帝昏庸，负责的臣下仍可以维持政治机构的正常运转。以局势而论，留都诸臣需要的只是一个形式上的精神领袖，而并非要雄才大略的贤君。因此，史可法、马士英等南明重臣，一开始就是把他们准备拥立的皇帝看作土偶木像的。曾经天威凛然的皇帝对他们来说，不过是一个象征，一个摆设。
当南京的拥立大会开得热闹之时，远在淮安的朱由崧却慌了神，感到情况不妙。出乎所有人意料的是，看似脑满肠肥、糊涂昏庸的朱由崧，这次竟下了一着妙棋，一举击溃了南京城内自以为得计的衮衮诸公。他懂得枪杆子里出政权的真理，直接向雄踞江北的三镇总兵求助。高杰与黄得功、刘良佐，本就是野心勃勃的流窜军阀，见有“定策拥立”的大买卖可做，自然喜不自禁。福王的书召到后，双方一拍即合。他们甩开顶头上司马士英，做起了定策元勋。
马士英正与史可法在南京密商拥立潞王，获悉后大惊失色。马士英老于官场，十分狡猾，见自己部将窝里反，心知再争也没用，连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。史可法还蒙在鼓里，指手画脚的不服，并给马士英写了封信，痛骂朱由崧昏聩糊涂。就是这封信，成为落在别人手中的把柄。随即，马士英带领大军杀气腾腾，护送朱由崧来到南京浦口。史可法见大势已定，满心悔恨，只好接受现实，东林党人拥立潞王的计划流产。
朱由崧求助于三镇军阀，得偿心愿，顺利登上了至尊的宝座。而江北诸镇，则以“天子恩人”、“从龙元勋”自居。此后，在南京，从皇帝到重臣，再无人能控制这支飞扬跋扈的军队。高杰与黄得功、刘良佐，都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下不乏良将猛士。倘若朱由崧稍有他祖上太祖、成祖的权谋阅历，驾驭得当，完全可以在仰仗三镇军队，为己所用。可惜，朱由崧继承了乃祖的心宽体胖，却没有继承乃祖的雄才武略。三镇也看出他是个扶不起的阿斗，自然打心里看不起这个皇帝。
朱由崧是在五月十五日正式由监国登基为帝。开始，他作风低调，进城时戴着又脏又旧的角巾，摇着白竹扇，看起来像个和蔼可亲的乡下土财主，并非传说中骄气逼人的纨绔子弟。这位半生颠沛流离、穷困潦倒的皇帝，其实全是在做作。做了几天表面文章后，朱由崧放出话来，天下事，有马士英在，我可以放心睡觉。即位之初，他就派太监到处收罗美女以充宫掖，一直闹到苏杭等地，吓得有女儿的人家鸡飞狗跳，争相把女儿一嫁了事，生怕落入虎口狼窝。有了美女娇躯，朱由崧便不管政事，纵情声色，享受起来。明朝皇帝中，朱由崧以好色纵酒著名。直到灭国前两个月，清军兵临大江边，他还在忙于选后宫妃嫔，为制房事良药，不惜征用乞丐捕捉癞蟆，老百姓戏称他为“虾蟆天子”。
朱由崧也好酒。大臣刘宗周劝他戒酒，为革命保重身体。朱由崧表面话说得很光鲜，承蒙先生苦心，以后我再不喝了。但他脸上晦气的很，像有人欠了他十万两银子一般。刘宗周一看，觉得不好意思，又改口说，皇上，您就每次只喝一杯吧。朱由崧马上借坡下驴，发话道，您都这么说了，以后就只喝一杯罢。后来，他真的只喝一杯，只是太监给他准备的是一只特大号的金杯。这还不算，喝到一半，他就不喝了，旁边的人当然知趣，继续给盛满，说，没喝完就不算一杯。上下配合默契，名义上是喝一杯，实际上比前喝得还多。
南明弘光政权，拥有全国最富庶的地区和八十多万军队。以兵员来说，仅镇守武昌一带的左良玉部就达二十万，此外，两广、云贵、江浙等处都有明军驻守。可惜朱由崧政治才能平庸，除了会拼命享乐，别无是处。当时，朱由崧手下四员大将，高杰、刘良佑、刘泽清、黄得功，分别封为兴平伯、广昌伯、东平伯、靖南候，各领兵三万驻守在徐州、凤阳、扬州、滁州。四镇共掌握兵力十万余人，都有镇压农民起义军的经验。
兴平伯高杰本是李自成的同乡，在大顺军当中层军官，绰号翻山鹞子，人长得帅，又好色，就是不该犯兔子吃窝边草的忌，勾搭上李自成的老婆邢氏。奸情败露后，高杰只好投降明军，成为镇压农民军的主将，不久就升到总兵位子。
高杰与同样靠镇压农民军出身的庐州总兵黄得功、刘良佐、山东总兵刘泽清，拥立朱由崧当上皇帝后，不是一心收复失地，而是忙于勾心斗角，成天逼着问朱由崧要粮要饷。朱由崧很是恼火，因为江北四镇不缺粮饷。
当时，江北四镇粮饷定额每年共二百四十万，福王在登基后头四个月内就发了三百六十万，达一年半的饷。四镇虽然没有达到直接目的，却在不明真相的文武官员中搞得群疑满胸，乌烟瘴气。南明弘光朝廷，自然谈不上凝聚力和向心力。
在军事上，弘光政权奉行“借虏平寇”方针，与清庭握手言欢，妄想借清军消灭大顺军、大西军，与清庭划江而治，重演南宋偏安江南的模式。当时，东南、西南各省除四川外，其他省份仍奉明朝为正统。
于是，弘光朝廷就加紧了颠覆大西政权的部署。它采取两手策略，一手策略是任命四川官员，指使他们策反，组织本地地主阶级同大西军为敌。一手策略是责成云南、川陕、湖广等地明军出师，合力围剿四川。
